菲律宾独立后，菲政府对南部的政策依旧软弱，菲南部多地继续任由“土皇帝们”兴风破浪。2009年，马京达瑙的豪强安帕图安家族悍然屠杀了政敌及媒体记者等50多人，这场暴行震惊世界。但菲中央政府却迟迟不敢对安帕图安家族进行惩处，最终随着老安帕图安病死，这场屠杀的追究行动不了了之。
因此，马拉维被恐怖分子肆虐并不意外。菲南部地区不受中央管制，各种极端思潮泛滥，而当地豪强也乐于利用极端教义来对抗被他们视作“异教徒”的菲中央政府。东南亚地区的穆斯林本来信奉的是较为温和的伊斯兰教派别、且夹杂着很多本民族传统。但随着中东极端主义到处传播，东南亚难以幸免。在上个世纪中叶，东南亚大多数穆斯林妇女不戴头巾，如今几乎没有不戴头巾者。
2011年“阿拉伯之春”爆发后，东南亚一些穆斯林受到极端教义毒害，奔赴中东进行“圣战”，并扬言要从中东打回到家乡去。IS极端组织的崛起亦让菲律宾原有的“阿布沙耶夫”、“马巫德”等恐怖组织备受鼓舞，纷纷转投其麾下，打出IS“东南亚分支”的旗号。而最近IS在中东的挫败，又导致一些东南亚籍的恐怖分子从中东逃回家乡，这些人毕竟受到战争训练，且携带武器，他们的“返乡”无疑令东南亚局势雪上加霜。本次马拉维战争就是本土恐怖组织与国际恐怖势力沆瀣一气向菲政府发难。
菲律宾南部与马来西亚东部地区隔海相望，菲、马两国对国境划分存在争端，但两国对于相关水域的管理却漏洞百出。2014年，菲律宾南部的极端分子就过海袭击了马来西亚东北部的旅游胜地仙本那，还曾经劫持了中国游客作为人质。而这次的马拉维之战，据信很多恐怖分子是从马来西亚、印尼等地坐船过海抵达菲律宾发动袭击的。所以，马拉维之战也暴露了东南亚各国建立互信、合作反恐能力的短板。
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