然而，我们必须注意的是，两岸事务的特色，有些并非框架性、方向性及由上而下谈妥就完全没有问题；反而有许多是实践中才会出现的状况，是发自由下而上所产生的问题。因此，格外需要互信与智慧，一项一项排除任何困难，方能行远致稳，完成先易后难的步骤。当然也必须留意到党政分际，中国国民党虽然代表台湾地区的执政党，但仍旧不能悖离“立院”的监督与法制的相关规范。
此外，在大陆与美国建立“新型大国关系”下，台湾方面更应该善用此关系，使对两岸关系和平发展产生正面的助益，台湾、美国与中国大陆三边关系，既可以保持民间、经济、文化层面的交流交往，亦可产生相互的竞合，台湾方面深知大陆当局对美军售及对两岸关系产生负面的影响。但台湾亦必须考量现实情况，在手段与目的间求取平衡，既发展两岸关系又能巩固台美关系，在中国梦下台湾梦能够找出适当的位置。
总之，习吴会显示出两岸积极务实的一面， 两岸关系目前已具体实践“互不承认主权、互不否认治权”的务实精神，并做到 实事求是、循序渐进，创造各种良好条件，以耐心和智慧解决问题，藉以发展新形势下的两岸关系，替两岸和平发展添动力上保险，可谓大势所趋。在马英九的全面掌握情况下，民众充分瞭解各项情况与进展，相信未来的两岸关系仍是可以值得期待的，未来马政府只要执政一天，习吴会各项共识应可作为两岸和平发展之方向上的依据，至于具体的做法，就必须与时俱进。
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