所谓的两岸沟通协商之实质障碍，指的是两岸当局分别从不同的立场及角度来主张两岸政策之实质内涵。这些内涵十分广泛，触及到各个层面，包括一个中国内涵、九二共识内容指涉、一中框架的制度设计、两岸政治定位与政治关系、两岸主权与治权问题、两岸涉外事务、国际活动空间、两岸文化协议，甚至到国共终止敌对状态、建立军事互信机制、签署两岸和平协议及两岸合情合理的政治安排与制度和法律的设计等，透过这些实质内容，加深两岸互信，强化中华民族认同。只可惜这些实质内容，每一项蓝绿红三方都有各自既定立场，有的彼此有交集，有的南辕北辙，如此情况致使两岸协商之实质进展产生相当大的阻碍，若想要磨合，恐怕时间不短、难度不小。
两岸这些年来，反覆经过属性不同、层次不一、议题相异的对话机会，但始终无法排除这些存在于两岸协商间的程序与实质障碍，夹杂着蓝绿红三方利益的博奕，使问题处理起来十分棘手。
我们都知道先程序后实体，程序正义很重要，但每一项实质内容恐怕更需要关注，不能被模糊、被曲解、被漠视。诚如杨开煌教授所言“两岸关系走入深水区，精准的政治定位是很重要的”。精准的政治定位指的就是两岸间实质性的问题，在探讨这些实质性的问题前，必须先设法排除程序障碍；至于民进党一再以程序性障碍来阻碍两岸实质性进展，此心态若不改，恐怕民共互信难以建立，也永远找不出对大陆的一套理论与说词。因此程序与实质障碍是两岸协商沟通所客观既存的事实，需要分阶段、分步骤、先经后政、先易后难、先程序后实体来处理及化解。
尽管两岸存在程序与实质障碍，可喜的是，两岸当局对于事务性的进展并未因此而停顿下来，包括ECFA、十九项协议、两岸两会互设办事机构等，每一项都是得来不易的成果，其中存在许多两岸程序与实质之障碍，但终究能够一一排除，这充分显示只要有心，问题终究有解。
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