樊锦诗在《我心归处是敦煌》一书中介绍，目前，莫高窟壁画病害主要有空鼓、起甲、酥碱三种。
画工绘制壁画之前，要用泥土混合碎麦秸，然后涂抹在岩壁上作为壁画的泥质地仗层。隋唐以前大都直接在地仗层上作画，自隋唐开始，画工会在地仗层上再抹上一层薄如蛋壳的白灰，经过打磨后才可以作为壁画的底色。洞窟历经千年之后，泥质的地仗层逐渐从岩体上脱离开来，形成了壁画与岩体之间的空隙，这便是空鼓。一旦遭遇地震或大风，壁画很容易整体脱落，掉至地面就会“粉身碎骨”，很难修复。
起甲的表现形式是壁画白粉层及其上面的颜料层发生龟裂，进而形成鳞片状翘起。翘起来的龟裂层，时间长了就会脱落。久而久之只剩下壁画的泥层，严重的还会导致壁画消失。
壁画的酥碱病害，被称为壁画的“癌症”，其现象是壁画地仗泥层黏结性丧失，泥土颗粒逐渐掉落酥粉。在水和潮湿空气的作用下，崖体及壁画地仗层中大量的硫酸钠和氯化钠活动迁移，聚积在壁画地仗层和颜料层中，反覆溶解、结晶，从而产生酥碱病变。
李德仁介绍，近年来，敦煌地区气候变化，湿度上升、降雨量增加、河道涨水，都不利于壁画保存，游客参观时呼出的二氧化碳也会产生化学反应，对壁画造成影响，保护工作迫在眉睫。
2005年前后，三维激光扫描技术得到快速发展。正巧朱宜萱和樊锦诗都参与了香港志莲净苑的数字化保护工程。志莲净苑是一个仿唐木构佛寺建筑群，以敦煌莫高窟第172窟壁画为蓝本建造而成。朱宜萱带领团队对它的每个构件进行了数字化处理，在计算机中再建了一座三维动态数字化志莲净苑，通过虚拟漫游系统，可以展现建筑物的原始样貌。志莲净苑数字化保护工程取得的成果，让敦煌研究院看到了希望。
2005年，李德仁夫妇前往敦煌考察，见到了樊锦诗。大家讨论后决定，在数字空间里重建敦煌胜景：运用现代摄影测量与遥感技术，对敦煌莫高窟进行三维数字重建，在计算机上建立一个立体敦煌。
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