其次，动物和环境中的病毒分布调查是最直接、最重要的手段。赵卫介绍，如科学家发现非洲喀麦隆南部灵长类动物身上带有与HIV极为相像的病毒SIV，也即猴免疫缺陷病毒。所以，有科学家提出了“受伤猎人”理论，即一位受伤猎人接触到灵长类身上的病毒，最先被感染。现代最凶险的传染病之一埃博拉出血热，目前大多数科学家认为其来源于果蝠，因为整个撒哈拉中部和南部非洲地区有不同种类的果蝠可以携带这种病毒。
近年来，生物信息学技术进展迅速，科学家可以通过基因同源性比对确定不同病毒株间的亲缘关系和传播过程，甚至可以通过“分子钟理论”推算出某种病毒的起源时间。但在溯源方面，这些都无法替代传统的流行病学调查。
在赵国屏看来，对自然来源新病毒的溯源，就像刑警破案。刑警到作案现场，首先收集证据，然后多方调查，形成各种假说；顺藤摸瓜，排除并查找新证据、新线索，最后找到作案嫌犯。同时，嫌犯供述犯罪过程，并指认作案第一现场及作案工具藏匿地点，与获得的证据互相印证。其中任意环节出问题都可能没有结果。
溯源有难度 大家要有合理预期
病毒很狡猾，尤其是基因由核糖核酸（RNA）而不是脱氧核糖核酸（DNA）构成的病毒，更容易发生变异，而且变异的程度更高，速度更快。
赵国屏介绍，冠状病毒就是更为狡猾的RNA病毒。其基因组比较大（是HIV病毒基因组的3倍），也容易出现包括缺失、重组之类大片段的变异；当然，绝大部分变异对于病毒的生长繁殖都是不利的，因此，在病毒复制的过程中就被自然淘汰了。
赵国屏认为，病毒在跨种传播过程中，需要积累适应新宿主（人类）的那些变异，形成在人群中扩散的“传播性的克隆”，那就是现在反覆检测测序的传播到世界各地的毒株。可是，在这个早期的积累过程中的绝大部分变异，并没有明显的对人感染的“表型”，被发现的几率自然是很低的；但这正是溯源所需要的“科学证据”。
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