1996年，中国水下考古队对西沙群岛开展了首次水下考古调查，在北礁、珊瑚岛、浪花礁等礁盘上发现8处水下文化遗存，标志着中国水下考古从近海走向远海。2007年、2008年，“华光礁一号沉船遗址”的水下考古发掘，是迄今为止规模最大的一次远海沉船遗址全方位系统发掘。
2014年，山东青岛，我国第一艘自主研发、设计和建造的水下考古专用船“中国考古01”投入使用，从此我国水下考古工作告别了“租用渔船时代”，水下考古科研设施条件和水下文化遗产保护能力极大提升。仪器设备间、出水文物保护实验室、海洋探测室、减压舱、A字架、折臂吊、工作艇……“中国考古01”配备了专供水下考古工作所需的多种设备和专门舱室，还设置了休息室、厨房、卫生间等，是队员的“海上家园”。提起这个“老伙伴”，邓启江感叹道：“近年来水下考古的许多工作都有这位‘得力帮手’的身影。”
海平面200米以下的海洋属于深海区，超高水压是推进深海考古的难题。2017年8月，中国第二台深海载人潜水器“深海勇士”号在南海成功进行首次载人深潜，作业能力达到水下4500米。这一深海利器拉开了中国深海考古的序幕。
随着“深海勇士”号缓缓下潜，水下的世界逐渐变得清晰。长基线定位系统的精准导航，犹如灯塔，引领队伍穿越漆黑的海水，直至遗址的精确位置。在水下的昏暗光线中，三维激光扫描仪和高清相机开始工作，它们是考古队敏锐的眼睛，完整记录沉船遗址的每一处细节。
“原有的抽泥设备十分笨重，光抽泥头就有几十斤重，在发掘过程中一不小心就会对文物或脆弱遗迹造成伤害。”梁国庆说。在圣杯屿元代沉船考古中，考古队对发掘工具进行了小型化改造，抽泥设备变得只有3寸大小，仅仅一两斤，极大程度减少了可能对文物产生的二次伤害；小气枪型吹泥设备可以像手术刀一样对文物进行精细挖掘，辅助考古队员科学揭露了瓷器包装方式等脆弱遗迹。
昏暗的海底，大多数时候能见度还不到1米。圣杯屿元代沉船考古队拍摄了近6万张近景照片，利用水下三维摄影拼接技术，这些照片被计算整合，就像拼合起一幅巨大的海底拼图。随着最后一块“拼图”的落位，低能见度海况下一幅沉船遗址的高清全景三维影像终于首次呈现，让世人得以窥见沉船全貌。
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