孙明贤强调，两岸应加强农业合作，技术合作要互惠、产业合作要互利、贸易合作要互补，既然两岸是特殊关系，不要用自由竞争的方式，而是应互通有无，尊重买方的意愿，台湾要买的才销过来，大陆要买的才销过去。
在签订ECFA之后，两岸对于保护智慧财产权已经有共识，将会加强执行，孙明贤认为，所谓技术的保护应该是保护商业利益，而非不能让别人运用，全世界所有的农业品种，没有一样是敏感的，应该推广给农民使用，目前没有法律可以禁止品种流通。
孙明贤说，目前830项农产品还是不准从大陆输入，但台湾已经是一个开放的市场，现在只禁止大陆的农产品，其他国家的农产品照样进来，尤其台湾加入WTO之后，市场更加自由化，台湾从其他国家进口的农产品越来越多，但对大陆处处设限。
孙明贤举例，日本的富士苹果因为品种好的关系，全世界都有种植，大陆种植最多的也是富士苹果，品种是由日本卖出的，当然有利可图，台湾有许多优良品种，不应对大陆设限，应该由政府出面，与大陆农业部门建立管道，协助农民将优良品种与技术销到大陆，发挥最大的经济利益。
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