自98年暴乱结束后，印尼华人的地位有所提高，但近年来有关华人话题还是经常在印尼政坛掀起波澜，其中最著名的一场风波，就是前雅加达华人市长锺万学入狱事件。锺氏本是印尼华人中崛起的政治新星，当时得到佐科和普拉博沃两大阵营的共同争取，后来锺氏选择与佐科合作，普拉博沃阵营中的伊斯兰极端分子遂以“亵渎《古兰经》”为藉口指控锺氏，并派出极端分子在其后的法院审理过程中不断闹事，最终迫使法院判决锺万学罪成入狱。作为锺万学的政治盟友，佐科面对宗教极端分子的闹事行为表现得力不从心。
当然，普拉博沃阵营对锺万学的打压，比起意识形态因素，更多的还是出于政治考量，为的是斩断佐科的政治臂膀，况且，印尼极端主义思潮的长期发展，也并非普拉博沃一人之责任。
印尼的伊斯兰化仅有几百年历史，并且大多数场合是和平进行的，因而印尼保留了许多自身的传统文化。但自近代世界市场形成后，印尼就开始受到中东伊斯兰极端主义传播之害。早在19世纪初，印尼巴东地区就出现了瓦哈比派分子，鼓吹实行宗教律法统治，并发动“圣战”。
二战后，印尼脱离荷兰殖民统治而独立，国父苏加诺有着进步理想，他在印尼提出了“建国五原则”，规定不设立国教，几大宗教地位平等。但随着苏哈托上台，出于强烈的反共意识形态，苏哈托开始纵容伊斯兰极端主义发展，以“抗衡共产主义”，并且将华人怀疑为红色中国的支持者加以迫害。
上行下效，加之外来极端势力不断渗入，使得印尼亚齐地区出现了极端分子，并导致了分离主义思潮，印尼军队与亚齐分离势力经年鏖战，最终作出妥协，允许亚齐实行沙里亚教法，当前亚齐俨然是印尼的“国中之国”，连穿着牛仔裤在亚齐都成了“违法行为”。受到亚齐成功推行宗教律法的鼓舞，印尼其他地方的极端分子也蠢蠢欲动。
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