美“航行自由计划”违反《公约》规定的航行制度。在内水，沿海国享有完全主权，任何外国船舶航行均须获沿海国批准。美却以他国领海基线划法不符合美国自诩的所谓“国际法”为由，强行派军舰闯入他国内水，侵犯他国主权。
在领海，沿海国享有领土主权，包括立法、执法和司法管辖权。外国船舶在不损害沿海国和平、良好秩序或安全的前提下有无害通过权，这要求外国船舶不得对沿海国的主权、领土完整或政治独立进行任何武力或以武力相威胁，不得进行操练或演习，不得搜集情报等。但美无视这些规则，悍然在他国领海抵近侦察，并耀武扬威。尽管《公约》对外国军舰进入领海是否需事先通报或批准未作规定，但中国、土耳其、巴基斯坦、印度等约40个国家确立相关通报或批准制度，其他国家应予尊重。但美无视这些国家的法律和实践，派军舰在他国领海肆意穿行。
在毗连区，沿海国为防止在其领土或领海内违犯其海关、财政、移民或卫生等事项的法律或规章，以及惩治上述违犯行为，可行使管制权。外国船舶在该海域并无绝对的航行自由，航行自由以不违反沿海国的有关管制权为前提。
在专属经济区，沿海国享有勘探开发自然资源的主权权利，并对人工设施建设、海洋科研和海洋环保等享有管辖权。外国船舶在一定条件下在该海域可行使自由航行权，包括不应妨碍沿海国主权权利和管辖权，须“适当顾及”沿海国的权利和义务，并遵守沿海国的有关法律和规章，而且“应只用于和平目的”。显然，他国军舰或军机挑衅性穿越或通过沿海国专属经济区，在沿海国专属经济区举行针对性军事演习、进行军事测量或情报搜集等军事活动，不属于为和平目的，也不应被认为是航行自由活动。实践中，美军舰和军机毫无顾忌地在他国专属经济区内开展军事测量、情报搜集、军事演习等军事活动，严重威胁沿海国国家安全，违反《公约》规定的专属经济区航行制度。
即使在公海，各国行使航行自由，也“应只用于和平目的”，并须“适当顾及”他国公海自由和国际海底勘探开发活动等，还应遵守海洋环保、海上避碰以及海上救助等方面的一般国际法规则。但美“航行自由计划”追求不受任何限制的“绝对自由”，违反《公约》规定的公海航行制度。
美“航行自由计划”背离《联合国宪章》的宗旨和原则。《联合国宪章》规定了禁止使用武力原则。《公约》第301条也规定，他国在行使权利时，应不对任何国家的领土完整或政治独立进行任何武力威胁或使用武力，或以任何其他与《联合国宪章》所载国际法原则不符的方式进行威胁或使用武力。美国打着“航行自由”旗号“秀肌肉”，派遣军舰前往相关海域擅自行动，对其他国家进行军事挑衅和武力威胁，严重背离《宪章》的宗旨和原则。
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