前述条约及其相关协定实质上是以放弃日本国家主权为前提条件，去维持两国军事、安全、政治、外交的稳定关系，自然受到日本广大民众的长期的反抗。1958年10月4日,日美两国首次举行修改《安保条约》的谈判。1960年1月19日，日本首相岸信介和美国总统D.D.艾森豪威尔在华盛顿签订《日美共同合作和安全条约》（通称《新日美安全条约》），后于1960年6月23日双方互换批准书后生效。新条约有效期10年。该条约与《日美安全条约》相比，是两国对等的、双方承担义务的条约，加强了日美军事同盟关系。日本仍依靠美国核保护伞维护自身安全，承担提供军事基地、扩充军备、共同作战等更多的义务。同时两国还修订了旧条约签署时作为连带性法律文本的《行政协定》，改称《关于设施和区域及美国驻日本国军队的地位的协定》，废除了日方分担的防卫经费。由于新条约敌视原苏联、中国以及其他亚洲各国人民，日本有被卷入美国军事行动的危险，因而激起日本人民的强烈反对。1959～1960年，日本人民为反对修订《日美安全保障条约》，进行了23次全国统一行动。尽管如此该条约还是发挥了日美军事同盟的压舱石作用。1970年到期后，日本政府通知美国政府，宣布自动延长。
美国的亚太战略始终把中国视为主要的假想敌之一，千方百计地遏制中国的和平复兴。1972年5月，美国把冲绳交给日本，该条约同样适用于冲绳，同时还包括中国的钓鱼岛也被让给了日本。此举埋下了中日领土纷争的祸根，使刚刚恢复正常化的中日关系从一开始就蒙上了阴影，两国间的信任关系也自此被打进了“楔子”。由于美国的翻云覆雨，此后，围绕钓岛，我国大陆、台湾地区，与日本之间的摩擦、争斗时有发生，虽基本上在可管控范围之内，但是也始终在影响乃至伤害着两国人民之间的感情。
2010年11月10日，美国奥巴马政府决定转变对华政策，对外公开宣称钓鱼岛适用《美日安保条约》。这是美国重返亚太的重要步骤。2012年9月底，日本政府作出对钓鱼岛实现所谓的“国有化”的错误决定，引发中日关系急速下行。2012年11月29日美国参议院全体会议决定，在2013财年“国防授权法案”中增加一个附加条款，明确规定美国对日防卫义务的《日美安保条约》的第五条适用于钓鱼岛。这显然是火上浇油，绑架中日两国民意与政府。可见，日美新安保条约成为了美国实施所谓亚太“再平衡”战略的“王炸”。
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