“文革”结束，高考恢复，高校工作步入正轨。20世纪50年代形成的高等教育管理体制越来越不适应改革开放的节奏。中央各部委办大学（“条”），地方省市也办大学（“块”），形成了中央各办学部委之间、部委与地方之间在办学、管学上的“条块分割”。当时高校有一股强烈的“扩大办学自主权”的愿望和要求。
1985年出台的《决定》就尖锐地指出，在教育事业管理权限的划分上，政府有关部门对学校主要是对高等学校统得过死，使学校缺乏应有的活力；而政府应该加以管理的事情，又没有很好地管起来。同时进一步明确坚决实行简政放权，扩大学校的办学自主权。
曾任国务院副总理的李岚清在其教育访谈录中对当时中国高等教育管理体制存在的问题有一个形象的描述：高等教育资源被分割的局面，就好像一块蛋糕，先被横切，再被竖切，左切右切，最后被切成了蛋糕屑。
这场轰轰烈烈的改革首先从解决部门办学着手。其实早在1985年关于教育体制改革的决定的起草中，就对部门办学的弊端做出了分析，中央领导也认为非改不可，但是当时中央的业务部门具有管理行业的职能，全国的大型企业也由中央部门管理，同时财政“大包干”，各部门有各自的办学经费，因此改革部门办学还缺乏基本的条件和政策支持。每个高校都是部委或地方政府的“亲儿子”，要把亲儿子送人谈何容易？
进入20世纪90年代，随着经济体制改革的大力推进以及中央政府机构的改革，改革部门办学的时机逐渐成熟。1994年在上海、1995年在南昌、1996年在北戴河、1998年在扬州，国务院相继召开了四次高等教育管理体制改革座谈会，提出了“共建、调整、合作、合并”的八字方针，明确要求淡化和改革高校单一的隶属关系，加强省级政府统筹，变条块分割为条块有机结合等。
1998年抓住政府机构改革的契机，高等教育管理体制改革步伐加快、力度加大。国务院做出《关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》，将裁撤的部委所属高校进行了调整。原来国务院有关部门直接管理的367所普通高校改革后只剩下111所，其他大多数高校实行了省级政府管理、地方与中央共建的管理体制，这一前所未有的大规模改革前后总共经历了近10年的时间，基本上完成了新中国历史上最大的一次高等教育宏观管理体制改革和布局。
世纪之交的高等教育管理体制改革中，最为公众和社会所感知的就是高校之间的合并。1998年，浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学聚合在一起，合并组建为新浙江大学，成为中国高校的第一艘“航空母舰”。
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