重要主张
两岸统合学会未来将致力于推动两岸共同认同、主张以「一中三宪、两岸统合」为基础，推动两岸和平发展。
任何一个可以运作的方案必须建立在现实的基础上，两岸目前的法理政治现状为：一是两岸的宪法均为「一中宪法」，两岸在主权宣示上是重迭的，均包括对方；二是两岸对内的治权是平等分立，各自在其现有的领域享有完整的管辖权；三是两岸在对外的权力行使上有不对称的情形。未来两岸在确定彼此政治定位或签署和平协定时。整体来说，可以两岸「主权重迭、治权平等而不对称」来形容之。
两岸得以和平发展的基础在于双方均愿以尊重现状为基础，因此，在主权方面，双方应「承诺不分裂整个中国的主权」，亦即反对分离主义；在治权方面，双方应接受彼此为「平等的宪政秩序主体」，于即接受两岸分治，在这样的基础之上，两岸签署和平协定，形成具有宪法位阶性质的「第三份宪法文件」，并为未来「第三组宪法性文件」的基石。未来有关军事安全、国际参与、经济事务等方面的协议均可包括在「第三组宪法性文件」（第三宪）当中，透过第三组宪法性文件所创造出来的机制，等于为两岸的「共同治理」创造了法理基础，两岸可以参考欧洲统合的方式，在治权方面，建立共同体制度、推行共同政策，除可让两岸建构重迭认同外，两岸透过统合机制进行互动，为未来的和平统一创造有利条件。对此一论述，我们将之概括为「一中三宪，两岸统合」。
两岸统合学会认为，「一国两制」是和平统一后的政治安排，分离主义的任何主张亦无法成为两岸可以接受的政治安排，缺乏方向的「维持现状」并不能解决问题，不是一种政治安排，却有可能往分离主义发展。「一中三宪、两岸统合」应是两岸尚未统一前，也是两岸和平发展期间，最为合情合理的政治安排与前瞻性设计。
两岸统合学会以「共同」两字为所有论述的核心，于主张两岸应该创造各种「共同」的可能，以使两岸的「共同认同」得以强化，「共同利益」得以共享。在具体政策上，两岸统合学会提出七大构想，分别为：
（一）确定和平架构：
主张「一中三宪、两岸统合」应为国家统一前两岸关系的合情合理安排，两岸应以此为基础，签署两岸和平协定，确定两岸的定位与走向，以为两岸关系建立稳定的基础。为此，两岸统合学会已提供完整的两岸和平协定草案。
（二）推动文化统合：
主张两岸应共同推动中华文化基本教材，让两岸年青人有相同的中华文化素养；主张两岸应在史观上进行沟通、合作，以建立共同的史观为目标。另外，中国历史告诉我们，「书同文」是任何统合或统一的最基本条件，如果两岸文字仍有「简繁」之别，文字不能统一将严重影响到两岸的认同。两岸统合学会在文化统合的首要重点在推动「两岸文字趋同化」，依造字原则重新检讨文字之简化，并藉「读繁写简」之原则，一方面方便传统与现代的接轨，一方面藉以增进两岸的文化整合。
（三）推动货币统合：
货币为认同的重要象征。两岸统合学会将呼吁与推动建立「第三货币」，鼓吹成立「华元」（Chinese Dollar）做为与两岸（可包括港澳）现有货币外的第三种货币。三种货币并行，第一阶段「华元」做为企业间报价、结算，以节省交易成本；第二阶段推展消费使用，藉由共用货币强化认同。
（四）推动经济统合：
仅有贸易便捷化并不能够带来政治上的认同整合。两岸在加强经贸同时，亦应推动具有「共同体」（community）性质的两岸共同市场（common market），而非仅是贸易便捷化或自由化的共同市场。两岸统合学会将呼吁与推动两岸共同成立相关机构推动两岸经济统合。
（五）身份认同统合：
身份本即是「认同」（identity）的同义字。基于历史因素，两岸目前各有其政治上的身分归属。即使大陆对台核发「台胞证」，也是等于同意台湾人民与大陆人民的不同，一种「他者」的认知隔着不同归属而日渐强化。为了建立两岸间的「身份认同」，两岸统合学会将呼吁与推动两岸人民在现有认同之上的第三认同，也就是对「整个中国」（中国人）的认同，促成「中华卡」（Chinese identity card）的实现，两岸政府可以在审核后核发「中华卡」，台湾人民与大陆人民均可持该卡，免签证进入另一地区。基于两岸人口、幅员差距，台湾方面的忧虑可以理解。两岸统合学会呼吁由中国大陆率先推动。以「中华卡」取代「台胞证」。第二阶段推展至港、澳地区，第三阶段推展至全世界的华人。
（六）建构安全机制：
目前两岸政治上的争议之一在于台湾方面质疑中国大陆为何不放弃武力犯台；大陆方面则质疑台湾从来没有放弃走上分离主义的可能。面对这个问题，两岸统合学会呼吁两岸建立军事安全机制，以确保两岸人民的和平与发展。两岸统合学会认为在军事安全上两岸应以和平为最高价值与信仰，主张两岸均应在相关核心问题上相互自我「立信」：北京立信不使用武力或武力威胁，台北方面立信不走分离主义道路，两岸军事部署均不以对方为对象，而以共同维护人民利益安全为目标。在两岸未能完全建立信任，和平协定仍未签署前，两岸可以「阶段化」的概念来处理，即以四年为一期。
（七）国际共同参与：
国际参与一直是台湾民众普遍关心的议题，两岸统合学会提出两岸「国际共同参与」的主张，以使台北方面亦得以参与国际组织，在国际组织参与的方法上，两岸统合学会提出「两岸三席」的建议，在双边关系上，两岸统合学会提出「平等不对称」的双边关系原则。
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