在“台北会谈”的平台上，两岸与会者思想的交锋，充分体现出求同存异的精神。虽然与会者的意见各有不同，但都能求两岸的“大同”，即为两岸关系和平发展着想，为两岸人民利益考量，提出建设性的意见和建议。当然与会者对“异”的部分也都公开、坦诚地提出来，有些意见也进行了坚持和保留。总体而言，红、蓝两边，因为过去双方通过多次会议的场合（如国共论坛），彼此的看法相对较为接近，但双方在政治议题上还是存在歧见；而在本次会议上，红、绿两边从一开始就有交锋。陈明通以讲故事的方式，凸显台湾与大陆的差异；吴钊燮更是在陈述民进党的政策，援引岛内民调对两岸“统独”表达意见，这也在一定程度上凸显了民进党两岸关系论述的不足。而蓝、绿双方在两岸关系论述上显然也具有较大差距，不是短期内可以达成一致的。
由上可见，两岸透过“台北会谈”的思想激荡和交锋，将彼此间“异”的部分更加明显地摆到台面上，一方面有助于相互之间的了解，清楚地认知彼此的观点和意见；另一方面也提出了新的课题，即两岸在未来如何进一步增进和巩固彼此“同”的部分，如何化解双方“异”的部分，这对两岸实现可持续和平发展而言无疑更具有重要而深远的意义。两岸“求同存异”必然要向“聚同化异”的方向前进，这符合两岸关系发展的客观规律，也是两岸进一步深化交流合作的现实要求。对于两岸聚同化异，笔者提出以下几点建议：
第一，两岸要在未来两岸关系发展进程中，透过不断深入的沟通，进一步加强彼此之间的了解与认识。“台北会谈”为两岸深入沟通提供了很好的平台，也为双方深化交流创造了很好的模式。两岸完全可以以此为契机，在“台北会谈”奠定的基础上，进一步建立和完善沟通协调机制，通过各种方式和渠道，加强两岸的联系。包括两岸智库、学术界的交流，也可包括两岸基层的广泛交流。在交流中更为清楚、透彻地认知彼此间的同和异，达到知己知彼。
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