“一国”是“两制”的前提，“两制”是香港的特色和中央的承诺。因此，港区国安法尽管根本目的是止暴制乱，维护国家安全，但在内容上仍处处维护和支持特区政府的高度自治权，在机构设置上有多处明显体现。
港区国安法第二章第二节关于机构设置的第一条规定，“香港特别行政区设立维护国家安全委员会”。该委员会由行政长官担任主席，成员为香港政府各相关部门负责人，职责是分析研判港区形势，制定维护国家安全政策等。
戴维•罗特科普夫在《操纵世界的手——美国国家安全委员会内幕》一书中明确说，国家安全委员会是美国最有影响力的组织，围绕国家安全做出的决策是美国最核心的决策。香港维护国家安全委员会是中国第一个由法律确定构成的地区性国家安全事务决策机构，其成员均来自香港政府。中央驻港维护国家安全公署的主要职责仅是政策的意见建议权，并非决策权。仅此一条，已充分显示了中央对特区政府的高度信任。而在此之外的其他条款，更将港区维护国家安全的执法部门、检控部门、司法部门，均设于香港内部，充分体现了对香港自治权的高度尊重。
立法、司法与行政
港区国安法有关特首指定法官处理危害国家安全犯罪案件的规定，被一些人认为是违反司法独立原则。这种指责，既没有理解立法者的良苦用心，本身也是在罔顾事实基础上的双标。
司法公正是法律执业者的立身之本，也是法治社会的核心要求。香港近年来暴乱频发，但警方在极大压力下逮捕数千名疑犯，均被香港法院轻判并予保释。民间团体发起“法庭监察”行动，表示香港法庭对不同冲突案件的裁决令市民感觉涉嫌双重标准，因此希望对法官与裁判官进行监察和问责。《大公报》2019年6月18日发表题为《法官绝不能充当暴行庇护者》的文章，提出路透社采访的三名法官均反对《逃犯条例》修订，令人忧虑政治势力介入法官层面到底有多深？
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