林正义认为，若没有野田政府“国有化”钓鱼台，若中国没有派遣海监的舰艇、飞机进入钓鱼台12海浬，台日渔业协议可能至今仍无法达成，这是日本迫于情势的战略调整。不过，台日渔业协议的签订使台湾渔民在东北海域多出1400平方海浬的作业区，两国设置“台日渔业委员会”处理相关事宜，的确回应了马英九在“东海和平倡议”所提到的“召开双边与多边渔业会谈及其他渔业合作交流，建立渔业合作与管理机制”。
台海两岸在海域石油与天然气开发，能否如“东海和平倡议”提到“推动在台湾北部海域之合作探勘，建立合作开发与管理机制”，有待马政府是否会走出下一步。在现实上，台湾与日本合作开发石油天然气，远远不如台海两岸合作开发来得有可能。
谈到南海议题，林正义说，早期两岸在南海已有合作的纪录，但随着南海情势紧张，台海两岸合作的空间与时间点变得更为敏感。马政府呼吁相关周边国家应邀台湾参与“南海行为准则”(Code of Conduct in the South China Sea)的协商，共同促进区域和平与发展，北京却没有善意回应。即使两岸关系缓和，中国也不可能让台湾成为参与或签署“南海行为准则”的一方。
他指出，中国在南海无论是在西沙或南沙海域，与越南、菲律宾的冲突不断。2013年3月，中国军方承认一艘军舰在西沙海域对越南渔船开火，但坚称仅对渔船发射信号弹，越南所称的射击对渔船造成损害，乃“全属捏造”。越南向中国驻河内大使馆提出正式抗议，并要求赔偿。几乎同时，在中国驻印尼大使馆阻挠之下，台湾代表团无法参加“雅加达国际国防对话”（Jakarta International Defense Dialogue, JIDD）。之后，中国最大两栖登陆舰“井冈山号”（可搭载汽艇、直升机、小型两栖舰艇以及主力部队）在内的四艘舰艇，巡视南沙最南端的曾母暗沙，进入距马来西亚海岸不到50海浬的范围，引起马来西亚的注意。
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