对于两岸和平协议签署的时机，目前两岸两会谈判遵循先经济后政治的顺序，何时开启政治议题的谈判，何时签署相关的协议，都应当有充分的评估。第一种选择是在两岸经济性协议谈判取得明显成效后，正式进入政治性的和平协议谈判；第二种选择是马英九卸任之前，通过习马会发表共同声明等更为简便的形式开启两岸和平协议谈判的进程；第三种选择是留待马英九卸任后根据台湾政局发展的实际状况，再展开两岸和平协议谈判。
张文生认为，军事安全互信机制是两岸和平协议的核心内容。海峡两岸没有政治互信就没有军事安全互信，没有军事安全互信就没有两岸和平，政治互信——军事安全互信——两岸和平，这三者密切联系，缺一不可。因此，两岸和平协议应当有军方的参与，军方负责台海地区的冲突控制与危机管理，担负着维护两岸和平的重要角色。 |
