苏联解体后，基于雅尔塔体系的两极格局瓦解，欧洲政治安全环境发生深刻变化。失去战略对手的北约，重点转向关注应对全球范围内的政治军事危机，建立以自己为中心的国际秩序。
一是3份战略概念文件勾勒改革方向。北约于1991年发布《新战略概念》，对“集体防御”概念进行更明确界定；1999年发布《联盟战略概念》，明确可以在未经联合国授权情况下对防区外进行军事干预，并将决策原则从“协商一致”改为“自愿联合”；2010年发布《积极参与现代防御》战略概念，重点强调实施先发制人打击、在全球展开军事行动和加强网络战攻防能力等。3份文件在时间轴上描绘了北约从地区走向全球、从防御走向进攻的战略方向，也反映了其指挥结构以及武装力量结构的改革方向。
二是指挥结构向扁平化发展。随着现代战争制胜机理和国际安全威胁的变化，北约多次大规模精简作战指挥机制，使其朝着扁平化方向发展。其思路是，对战略级司令部进行重新定位，对战区战术级指挥机构进行大规模合并，对冗余低层级作战指挥机构进行大量裁撤。2013年，北约基本构建起由盟军作战司令部和改革司令部为第一指挥层级，南北两个常设联军司令部为第二指挥层级，联合陆、海、空军司令部为第三指挥层级的作战指挥结构。该阶段北约改变过去只追求规模效应与完整结构、强调单纯防御的发展思路，更加注重实效性，不断增强在传统防区外军事干预和管控能力，并在科索沃、利比亚等多场局部战争中进行检验。
未来发展
军事指挥结构趋向多元，寻求功能拓展
在2014年爆发的乌克兰危机中，北约延续其在伊拉克和俄格冲突中“拖泥带水”的表现，引发部分成员国的担忧，美国总统特朗普还不时抛出“北约过时论”，激起千层浪。对表当下美国最新欧洲安全战略和重回“大国竞争”的企图，北约面临如何继续加强对俄遏制和威慑、如何防止欧洲国家联合发展自主防务以及如何增强反恐处突能力等问题。通过“蟒蛇”等军演或可窥见改革端倪。
一是注重海上安全。为应对所谓俄罗斯威胁，北约在第一指挥层级新建大西洋联合司令部，旨在牢牢把握大西洋航道安全，防止俄罗斯的战略挤压。
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