第二阶段是中日战略互惠关系的启程（2006－2007年）。在中日关系处于僵局与低谷之际，接替小泉的安倍晋三首相于2006年10月8日访问北京，这次访华之行称为“破冰之旅”。中日两国共同发表的《联合新闻公报》提出“努力构筑基于共同战略利益的互惠关系，实现中日两国和平共处、世代友好、互利合作、共同发展的崇高目标”。自此，中日关系开始回升，战略互惠关系的构筑更成为中日两国外交的重点目标。2007年1月26日，安倍晋三在日本国会众参两院全体会议上发表施政演说时说，他将致力于构筑日中战略性互惠关系，以便为两国人民都带来利益。4月4日，安倍晋三在首相官邸对新闻界再次表示，他期望日本和中国建立战略互惠关系。在谈到即将与中国国务院总理温家宝举行的会谈时，安倍说，他期望通过此次会谈使日中向建立战略互惠关系迈进一步。以能源和环境保护为主，日中两国在很多领域可以开展面向未来的合作。
中国也采取积极态势，是年4月3日，中国外交部发言人秦刚在例行记者会上表示，温家宝总理即将对日本的访问对于推动中日关系继续改善和发展具有重要的意义。中方希望此次访问能够“确立中日战略互惠关系的内涵，完善经贸合作机制，促进两国在教育、文化方面以及青年之间的长期交流，推动中日睦邻友好关系的发展”。2007年4月11－13日，温家宝总理应邀访问日本，此次访日被称之为“融冰之旅”。期间，温家宝总理与安倍首相举行会谈，就构筑中日“基于共同战略利益的互惠关系”达成共识。温家宝总理还会见明仁天皇，并在日本国会发表演讲，他还广泛接触日本民众，出席两国体育文化年开幕式，与日本农民一起栽西红柿，和日本大学生打棒球等。中日经济高层对话机制正式启动，中日关系进一步回暖升温，两国民众的互相信任度也大大提高。
4月11日，中日两国在东京发表《中日联合新闻公报》。公报之四载明：双方再次确认，根据2006年10月安倍首相访华时双方发表的《中日联合新闻公报》，努力构筑“基于共同战略利益的互惠关系”，实现中日两国和平共处、世代友好、互利合作、共同发展的崇高目标，并就构筑战略互惠关系达成共识。另外，中日双方还决定为构筑战略互惠关系开展具体合作，如保持高层交往安排、启动中日经济高层对话机制，加强中日战略对话、中日安全对话、中日经济伙伴关系磋商、中日联合国改革问题磋商、中日非洲问题磋商、中日外交部发言人磋商等涉及广泛领域的各层次对话。加强人员往来和青少年交流，加强地区和国际事务合作等。双方一致认为，将于2008年结束的日本对华日元贷款为中国经济建设和中日经济合作发挥了积极作用，中方对此表示感谢。双方就妥善处理东海问题，达成“作为最终划界前的临时性安排，在不损害双方关于海洋法诸问题立场的前提下，根据互惠原则进行共同开发”的共识，坚持使东海成为和平、合作、友好之海。
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