试点试验中存在的问题
文章指出，农村土地制度改革三项试点工作在取得显着成效的同时，也存在一些问题和不足，需要引起重视。
一是基础性工作有待进一步加强。试点地区对于农村土地确权登记发证、村庄规划等基础性工作进行了大量投入，为试点工作的开展提供了保证，但基础工作仍显薄弱。农村集体土地确权颁证率较低、村庄规划和村级土地利用规划尚不健全、村级土地利用规划与相关规划融合程度不高、零星集体建设用地调整入市因规划问题无法落地等问题在试点地区不同程度的存在。
二是改革推进不平衡问题比较突出。从面上来看，集体建设用地入市改革进展较为顺利，试点效果最为明显，土地征收和宅基地制度改革相对滞后，三块地改革的联动效应尚未显现。从点上来看，三项改革试点样本分布不够均衡，土地征收制度改革试点相对不足，集体建设用地入市项目大多集中在东部发达地区。从内容上来看，平衡国家、集体、个人三者之间收益的有效办法还不够多；宅基地“三权分置”的探索和实践还不够充分；为经济社会发展、农村新产业新业态发展提供支撑的能力尚显不足。
三是一些试点地区相关配套制度不够完善。一些试点地区行政法规、部门规章、规范性文件与改革要求不符，一些试点缺少配套制度支撑。如集体经营性建设用地入市办理规划许可、建设施工许可等存在制度障碍，集体经营性建设用地商业项目房屋的分割登记、分拆销售没有具体实施细则，集体经营性建设用地入市财税征管等相关税费政策有待明确。
进一步深化改革的政策建议
文章认为，前期试点取得了明显的成绩，进一步深化农村土地制度改革，应以渐进性、市场化为基本取向，牢牢掌握几个关键落点，着眼长远进行系统性重构。
一是夯实基础性工作。加快推进与改革试点密切相关的土地调查、确权登记、规划编制等基础工作。加强对镇村两级规划编制的指导监督，探索农村规划多规融合，允许试点地区在一定范围内调整规划，保障村规划编制经费。加快推进“房地一体”的农村集体建设用地确权登记颁证工作，本着“尊重历史、面向现实”的原则出台更为宽松的确权登记发证政策，妥善解决集体经营性建设用地和宅基地历史遗留问题。
二是进一步深化改革。加大统筹协调推进力度，增强改革的整体性、系统性、协同性，释放改革联动效应；抓好已出台改革措施的落实，加快从定制度、试制度，到形成可复制、可推广的制度步伐；建立试点政策的延续机制，做好试点到期后的法律衔接，解除试点地区改革探索中的后顾之忧。
三是加强部门合作、凝聚改革合力。加强顶层设计，系统化、集成化推进改革，做好与户籍、财税、社保、金融等相关领域改革的衔接配套，增强改革的耦合性，强化相关领域支撑合力；加强对基层干部、广大群众的宣传引导，真正激发改革的原动力、实现改革的持久力。
四是总结试点经验、加快立法进程。进一步做好试点经验和成效的总结提炼工作，把丰富的改革实践转化成“可复制、可推广”的制度性成果，为面上推广和修法提供实践支撑和制度基础；根据《土地管理法》修改进程，针对集体经营性建设用地入市具体规则、土地增值收益分配等问题，提前谋划、研究制订专项制度，待《土地管理法》修改完成后，及时出台配套制度。
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