宗教和极端主义问题更是两国的顽疾。阿尔及利亚在上世纪90年代就因为伊斯兰原教旨主义者发难，而陷入内战状态，造成十万人丧生，布特弗利卡总统临危受命，用铁腕手段打击了极端分子，结束了内战，可以说是阿尔及利亚的再造英雄。但布特弗利卡对经济问题处理不佳，对于民众合理诉求一概粗暴回应，使得极端主义的温床并未被根除，加之邻国利比亚、马里等相继发生内战，并大量涌现恐怖组织窝点，令阿尔及利亚安全形势近年来不断恶化。布特弗利卡80余岁高龄，对国家的治理能力每况愈下，也是阿尔及利亚重新动荡的原因之一。
如果说阿尔及利亚老总统布特弗利卡在反恐方面有功于国家的话，那么苏丹老总统巴希尔就不甚光彩了。巴希尔依靠军事政变上台，为了巩固权力，他与国内外伊斯兰教势力长期合作，同拉登、穆斯林兄弟会和宗教政党乌玛党关系暧昧，甚至一度同乌玛党领袖萨迪克·马赫迪共治天下。为了迎合宗教势力，巴希尔强化并在全国范围内推行沙里亚宗教法，奉行阿拉伯人至上政策，导致苏丹南部基督徒分道扬镳，此外科尔多凡地区和达尔富尔也对巴希尔的政策高度不满，叛乱此起彼伏，酿成当今苏丹乱象的恶果。
此外，阿尔及利亚和苏丹都是与西方关系并不亲近的国家，苏丹还一度是美国的死敌，至今仍然遭受着美国制裁，这也是此二国经济困境的重要原因。本次两国出现大规模街头运动，抗议者就得到了西方的支持，西方还喊话阿尔及利亚与苏丹政府不要镇压抗议者，否则会招致更大制裁，并且对这两国的军队施压，要求军方抛弃老总统。
苏丹在经济方面走投无路时，巴希尔曾寄望大金主沙特给予援助，但沙特对苏丹的经济援助是有代价的，那就是要求苏丹派兵投入也门战场，为沙特充当炮灰。几年来，丧生在也门战场上的苏丹军人已接近万人，苏丹民众反战情绪日益高涨，指责巴希尔用本国人民的性命为沙特卖命。
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