根据1787年制定的《美利坚合众国宪法》，美国实行联邦、州和地方三级政府分层治理，各州保有相当广泛的自主权，有自己的法律体系和政府机构等。类似新冠肺炎疫情这样的公共卫生事务属于内政，以州和地方政府为主进行管理。各州可以根据自身情况制定不同的防疫措施，而联邦政府统一调配医疗战略储备和给予地方政府补助等。两党激烈的党争给三级政府之间的合作抗疫带来明显的负面作用。
首先，联邦政府面临着扩权与限权之间的张力。3月，白宫表示考虑以联邦政府名义下达对纽约州等三个疫情严重州的强制隔离，遭到纽约州州长科莫的强烈反对，认为这是“联邦政府向这些州宣战”。因为根据联邦分权原则，对重点疫区是否采取强制隔离属于各州行使的权力，联邦政府无权用强制性手段干预州政。除非各州愿意让渡一部分治权，联邦政府无权统一部署旨在切断病毒传播链的强制性措施。
其次，由民主党主政的州和城市与其他由共和党主政的州和城市对疫情防控的指令不一，很难建立起统一的国家战略来遏制疫情并重振经济。4月，纽约州等美国东海岸7个州组建“多州协定”，加州等美国西海岸3个民主党主政州组建“西部州协定”，不接受联邦政府领导，自行组建联盟协调防疫和复工等问题。由于共和党主政州的疫情防控措施整体偏松懈，位于共和党主政州的休斯敦、亚特兰大等民主党主政城市先于所在州的州政府宣布居家隔离禁令，形成“共和党主政州－民主党主政城市”的对立格局。
再次，党争渗透到抗疫物资的采购和调配之中。各州与地方政府都在筹措抗疫物资，但是联邦政府与多个州政府竞价抢夺抗疫物资，甚至有些州自行购买的抗疫物资被联邦政府征收后再另行拍卖。联邦政府调配抗疫物资以党派考量为重，优先照顾共和党主政州和对共和党选举比较重要的州。民主党主政州与联邦政府就此不断暴发矛盾和冲突，以至于民主党籍的纽约州州长科莫呼吁组建一个全国性的采购联盟，以避开联邦政府。
最后，白宫支持民主党主政州民众反对州政府的疫情防控措施。4月，从密歇根州民众爆发抵制州政府推行隔离检疫的示威活动开始，要求取消居家隔离令的抗议活动在多个民主党主政州蔓延。白宫支持这些抗议者，表示要“解放”他们并保障个人拥有枪支权利的宪法第二修正案等，引来了多州州长的猛烈抨击。民主党党籍的华盛顿州州长英斯利认为这等于是在“鼓励人们违反法律”。
第二重冲突存在于党争与三权分立制之间 |
