第三，生态补偿标准体系仍不完善。补偿机制建设在补偿范围、补偿对象、补偿标准等方面还存在一些技术障碍。补偿标准的确定是补偿效益机制中的一大难点，在建立补偿资金体系之前，要明确生态补偿建设和环境保护举措与提供的生态效应之间的因果关系。当前长江经济带部分地区实施的生态补偿标准总体偏低。
第四，补偿机制模式和资源机制较为单一。目前长江经济带各省实施的生态补偿主要还是由政府主导，补偿方式主要依靠财政转移支付、生态功能建设专项资金及相关的税费政策，而企事业单位投入、优惠贷款、社会捐赠等其他渠道明显缺失，除资金补助外，产业扶持、技术援助、人才支持、就业培训等补偿方式缺乏应有的重视。
第五，生态补偿机制实施保障不健全。长江经济带省际水环境资源产权制度尚未构建，产权关系不够明晰，生态环境权益交易流转体系不建立，难以充分发挥市场力量，调动流域上下游相关方的积极性。长江经济带建立生态补偿机制实施的法律支撑还不足，现有的也分散在有关法规政策文件的一些生态补偿的规定中，并没有对各利益相关者的权利、义务、责任界定及补偿内容、方式和标准等要素予以明确规定。完善长江经济带省际生态补偿机制还亟待有效的监管体系，监管能力不匹配，生态补偿机制实施的基础不牢。
完善长江经济带省际生态补偿机制的思路
一是积极争取国家试点，构建跨省域生态补偿的沟通与合作机制。在现行运行机制下，地方政府之间的跨区域合作必然会遭遇行政区划壁垒与市场跨界配置资源的矛盾。在涉及省际生态补偿中，仅仅依靠上游和下游的同级地方政府进行谈判和磋商，很难达成一致意见。基于此，中央政府的介入和干预就显得非常重要。
建议长江流域应抓住长江经济带建设上升为国家战略的有利机遇，争取将长江流域跨省生态补偿纳入国家试点范围。可先期由中央有关部委会同沿线11省市地方政府共同组成“长江经济带生态补偿委员会”。以委员会为载体，建立省际常态化沟通与合作平台，定期组织部省际协调与联席会议，就长江经济带跨省域生态补偿问题展开磋商与谈判。
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