1998年，全国供销合作总社组织了大规模的调查研究，形成改革的总体思路。1999年，《国务院关于解决供销合作社当前几个突出问题的通知》（国发〔1999〕5号）正式出台，供销合作社的工作重点转向了扭亏增盈。2000年全系统扭亏为盈，当年系统汇总实现利润13.77亿元。2001年，情况进一步好转，汇总实现利润16.39亿元，2002年达到28.6亿元。扭亏工作中积累的经验为“四项改造”战略的提出提供了实践层面的支撑。
2009年11月，《国务院关于加快供销合作改革发展的若干意见》（国发〔2009〕40号）正式发布，提出新形势下供销合作社改革发展的目标和任务是，坚持为农服务宗旨，坚持社会主义市场经济改革方向，坚持合作制基本原则，大力推进经营创新、组织创新、服务创新，加快构建运转高效、功能完备、城乡幷举、工贸幷重的农村现代经营服务新体系，努力成为农业社会化服务的骨干力量、农村现代流通的主导力量、农民专业合作的带动力量，真正办成农民的合作经济组织，不断开创中国特色供销合作事业新局面。这标志着供销合作社迈入新的改革发展阶段。
2011年，“2011中国企业500强、中国制造业企业500强及中国服务业企业500强”名单发布。中国供销集团以960多亿元的营业收入名列中国企业500强第83位，在中国服务业500强企业排名中名列第31位，这是供销合作社系统企业首次入选中国百强企业。
根据中华全国供销合作总社官网介绍，从2013年开始，历年来中央一号文件多次关注了供销合作社的发展和改革工作。
例如，2014年，供销合作社综合改革试点列入中央改革办2014年工作要点，写入中央一号文件和《政府工作报告》。2016年，中央一号文件明确提出，深入推进供销合作社综合改革，提升为农服务能力。
2018年，中央一号文件就全面实施乡村振兴战略作出全面部署，明确提出全面深化供销合作社综合改革，支持供销、邮政及各类企业把服务网点延伸到乡村，健全农产品产销稳定衔接机制。2019年，中央一号文件明确提出，继续深化供销合作社综合改革，制定供销合作社条例。 |
