分析交叉学科门类下率先设立的两个一级学科“集成电路科学与工程”和“国家安全学”，可以看出交叉学科的设置和发展，需根据国家发展的重点领域和优先主题进行规划和布局。所谓重点领域是指在经济、社会、科技、文化生态等方面和国家安全中重点发展、亟待知识创新提供支撑的产业和行业。所谓优先主题是指在重点领域中急需发展、知识与技术基础较好、近期能够突破的学科群。是否符合国家重大战略需求是交叉门类下设一级学科的前提，已有不同学科门类有关知识的储备情况是设置的基础。
“集成电路科学与工程”作为一级学科设置，是因为随着智能手机、移动互联网、云计算、大数据和移动通信的普及，集成电路已经成为所有信息技术产业的核心，设立“集成电路科学与工程”一级学科就是从根本上解决制约我国集成电路产业发展的“卡脖子”问题，构建支撑集成电路产业高速发展的创新人才培养体系。同时，我国近年来在计算机科学、大数据等方面具有较好的基础，设置这样的一级学科就是希望把“集成电路科学与工程”在理论、方法上涉及较多的现有一级学科能够整合在一起，围绕国家战略需求开展科学研究与人才培养，同时保持多学科综合与交叉的突出特点。同样，维护国家安全，迫切需要大批具有全球视野、全局观念、战略思维、政治意识、能力担当的国家安全人才，这是设置“国家安全学”学科的社会基础。
当然交叉学科也需要形成基本的知识体系和学科理论基础，社会需求逻辑是交叉学科设置的依据，而具备基本的知识体系和理论基础是交叉学科设置的标准。可以说，传统学科的划分规则主要是知识与学术逻辑，同时兼顾社会需求导向，但交叉学科设置遵循社会需求逻辑，同时兼顾学术与知识逻辑。
在明确交叉学科的性质不同于传统学科的同时，也要明确其不同于跨学科。跨学科是两到三个学科之间的合作，一般是以一个学科为主，比如新闻法律、新闻财经人才的跨学科人才培养，是以新闻学为主，学生同时学习法律或财经方面的课程，以培养适应时代需要的复合型新闻人才，同样跨学科科学研究也是以一个学科吸收另外学科的研究方法或者知识，例如借鉴社会学、经济学的研究范式与知识来研究教育问题。而交叉学科是面向重大社会问题的多学科之间的深度融合，彼此没有主次之分。交叉学科不是多门学科知识的简单拼凑与堆积，而是基于社会重大问题，多门学科依照内在逻辑关系而联结渗透形成的新学科。例如国家安全学科建设与人才培养，涉及的政治学、历史学、经济学、网络安全等学科都是围绕国家安全学来开展科学研究、设计课程体系、进行人才培养，并且在发展中逐步形成较为稳定的知识领域。
交叉学科要避免封闭和自我垄断，探索交叉学科组织载体
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