在成为NIH主任之前，柯林斯从1993年到2008年担任NIH下属国家人类基因组研究所（NHGRI）主任，在那里他领导了国际人类基因组计划，该计划在2003年4月以绘制完成人类基因组序列图而达到顶峰。
在任职期间，他坚定了自己的立场，启动了他认为是自己最伟大的举措的“大科学”项目，包括大脑图谱绘制工作、“癌症登月计划”、“All of Us”精准医学研究，以及一个专注于将基础研究发现转化为治疗方法的新中心。
“很少有人能在有生之年接近柯林斯博士执掌NIH时所取得的成就。”美国卫生与公众服务部部长泽维尔·贝塞拉（Xavier Becerra）表示，“在三任总统下，在美国历史的三个截然不同的篇章中，我们需要一个非凡的人来应对我们国家面临的最大的科学挑战。从绘制人类基因组到抗击一个世纪以来最具破坏性的大流行病，柯林斯博士精通科学突破，拯救无数生命，同时释放创新，造福人类子孙后代。”
《科学》杂志评价称，这位会弹吉他、骑摩托车的科学家用平易近人的魅力掩盖了他的政治智慧，帮助说服国会在停滞了10年之后扩大国家卫生研究院的预算。NIH官网也提到，在他的12年领导期间，NIH的预算增长了38%，从2009年的300亿美元增长到2021年的413亿美元。
NIH官网新闻稿写道，柯林斯提出并建立了大胆的举措，从基础科学到转化科学，再到重点项目，以解决美国人面临的一些最紧迫的健康问题，包括阿尔茨海默病、癌症、阿片类药物使用障碍、罕见疾病和COVID－19大流行。
在政策方面，柯林斯解决了许多阻碍科学发展的长期问题。他支持应对性骚扰和结构性种族主义的政策和活动，加强临床试验的问责和透明度，并确保广泛的数据共享。他一直是年轻研究人员的拥护者，实施了许多政策，使他们能够在竞争激烈的研究环境中取得成功。 |
