《公约》还规定，外国船舶在沿海国专属经济区内享有航行自由，但应适当顾及沿海国的权利和义务，并应遵守沿海国按照《公约》和其他国际法规则所制定的与《公约》关于专属经济区制度不相抵触的法律和规章。依据《公约》的内容及精神，《中华人民共和国专属经济区和大陆架法》规定：“任何国家在遵守国际法和中华人民共和国的法律、法规的前提下，在中华人民共和国的专属经济区享有航行、飞越的自由，在中华人民共和国的专属经济区和大陆架享有铺设海底电缆和管道的自由，以及与上述自由有关的其他合法使用海洋的便利。”
综上所述，外国船舶在中国台湾海峡内的航行权利为：在海峡内部的内水，不论外国商用船舶还是军用船舶，均需经中华人民共和国政府批准方可驶入；在海峡内部的领海海域，外国非军用船舶享有无害通过权，外国军用船舶进入则需经中华人民共和国政府批准；在海峡内部的专属经济区海域，包括军用船舶在内的所有外国船舶，在遵守国际法和中华人民共和国法律法规的前提下，享有航行自由。
需要指出的是，台湾海峡虽然是用于“国际航行的海峡”，但并非美国政府和学者所宣称的“国际水域”。《公约》文本中根本没有“国际水域”的概念，这是美国基于自身国家利益和海上行动目的而单边拟制的词汇，用以指称“领海以外的所有海域，包括毗连区、专属经济区和公海”。以“国际水域”来模糊领海以外各个海域，是美国在全球范围内维护“航行霸权”的手段，是对《公约》和相关国际法的不尊重，也是对中国在该海域的主权、主权权利和管辖权的挑衅。
中国长期以来一直严格遵守国际法，并按照《公约》及中国国内法保障外国船舶在海峡内部专属经济区海域的航行自由，以及外国商用船舶在海峡内部领海海域的无害通过权。两岸统一确实将增强中国政府对来往海峡船舶的监控力度和实效性，但这主要是针对那些“怀有特殊政治或军事企图”的船舶，这既是出于维护中国国家主权和利益的需要，也符合现行国际法规定。两岸统一后，中国不会改变台湾海峡既有的地理条件和航行制度，不会也不可能将整个海峡视为自己的内水，而会继续遵循国际法和国内法，保障外国船舶在台湾海峡内相关海域的相关权利。
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