在此阶段，台湾岛内蓝绿政治博弈进入了最激烈的阶段，出现了蓝长绿消的新形势，国共两党冲破历史藩篱实现了大和解，以“九二共识”为纲领，以和平发展为过程的国共政治共识得到台湾同胞的肯定与支持。两岸关系出现了进入和平发展的重大机遇。但是与此同时，也是统独舆论交锋、统独意识对立异常激烈的时期，陈水扁推出了“一边一国”的论述并终止《国统纲领》，而大陆则出台了《反分裂国家法》。但是，民进党内对大陆有客观认识的智者为数不少，他们也提出了许多发展两岸关系积极意见。中共在积极与国民党交往的时候，也愿意与民进党内部的务实派与有识之士进行交往与交流。大陆高层明确表示：即使是那些曾经支持过、追随过、从事过“台独”的人，只要他们有改善和发展两岸关系的意愿，也欢迎他们加入到两岸交流合作的行列中来。
对于这一时期的两岸关系和平发展，美国不仅不反对，也清楚认识到不支持“台独”才能确保中美关系的平稳与合作，对于陈水扁试图在中美关系之间进行挑衅、而自己坐山观虎斗的图谋，中美之间有共识，那就是陈水扁是“麻烦制造者”，美国必然会抛弃之，大陆必然会打击之。最终，民进党丢失了政权，马英九与国民党重新执政。两岸关系由此进入两岸关系历史上至为重要的和平发展新时期，这也是和平发展理论的实践新阶段。
在这短短的4年，也是中国评论发展史上最为关键、最为重要、最为成功的时间节点：第一，成功构建了两岸关系历史上第一家“网络媒体”，第二，成功构建了两岸关系历史上第一家“两岸共同媒体”。新构建的两岸中评社在最短的时间内，既能参加大陆最高领导人的出访活动，也可以随台湾领导人出访，并得到得了与台湾蓝绿政党领袖密切接触的机会，这是两岸以及香港、澳门的新闻媒体中，从未企及的政治高度和政治待遇。中国评论通讯社、中评网一诞生，即成为两岸关系中最为重要、最具效力、最可信任的传播沟通平台。
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