1993年，《四库全书存目丛书》编纂出版工作委员会于北京大学成立，并邀请杜泽逊担任编委，专门对“存目”书籍传世版本进行调查鉴定工作。
1994年，杜泽逊来到北京大学，投入“存目”编纂工作中。“将‘存目’中的古籍原原本本影印出来，绝非易事，要进行细致的鉴定核校工作。”为了高质量完成古籍整理工作，杜泽逊几乎每天都要工作超过12个小时。
历时4年，1997年10月底，《四库全书存目丛书》编纂工作完成。在丛书编纂过程中，杜泽逊阅览“存目”书籍善本5000余种，丛书共计1200册、200多万页。此后，他又把目标定在《四库存目标注》，直到2007年，这套书最终出版。
“让古老典籍重焕生机，我们责无旁贷”
2022年，山东省启动大型文脉工程——《齐鲁文库》编纂工作，《齐鲁文库》共分典籍、研究、史志、红色文献等九编，成书规模约13亿字，共计4000多册。2023年秋，《齐鲁文库》首批成果在山东曲阜尼山讲堂亮相，首批成果170册，收入264种经典古籍，影印清晰，装潢精美。
其中，《齐鲁文库·典籍编》收录有关山东的传统古籍，分为经、史、子、集四大部。作为《齐鲁文库·典籍编》主编，杜泽逊带领团队一道搜寻海内外图书馆、博物馆等公共收藏单位以及私人收藏中的相关文献，让更多藏在“深闺”的典籍版本与大众见面。
“系统收集整理文献，把珍贵古籍影印出来，这是帮助学者阅读、整理、注释古籍的可靠方式，也是保存古籍原貌、赓续文脉的必要手段。”杜泽逊说。
例如，在清朝道光时期，山东的金石学研究处于全国前列，其中的代表人物便是金石学家陈介祺。编纂过程中，项目团队从国家博物馆得到陈介祺手稿，仔细分辨发现其中包含6种古籍，扫描影印后，将其全部收录进《齐鲁文库·典籍编》。“这是6种古籍第一次出现在公众视野中，对于我国金石学研究大有裨益。”杜泽逊说。
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