督察指出，云南省督察整改虽然取得积极进展，但仍然存在思想认识不到位、整改责任不落实等问题，一些地方和部门甚至敷衍整改、表面整改、假装整改。
一是一些地方和部门政治站位不高。云南省部分地区和部门对高原湖泊保护治理的紧迫性、艰巨性、长期性认识不足，工作开展不平衡或抓得不够紧，导致部分重点项目进展滞后。截至2018年5月，洱海、滇池、杞麓湖等三个流域高原湖泊治理“十二五”规划项目完工率均未达到90%的要求，滇池流域完工率仅77%。中央投资2200万元、计划于2011年投运的玉溪市通海县第二污水处理厂，截至“回头看”时仍未建成。2016年和2017年，除泸沽湖和抚仙湖外，其余7个高原湖泊水质均未达到水环境功能区要求。
部分自然保护区“管而不严”、生态破坏问题依然突出。据省林业部门数据，全省65个自然保护区中仍有142处违法违规设施或建筑没有完成整改。现行有关自然保护区管理条例尚未修订，其中自然保护区调整权限等部分条款与上位法相冲突。2010年以来，楚雄州政府先后8次违规调减三峰山、恐龙河等5个州级自然保护区范围，为开发建设风电场、公路、水库等建设项目让路，缩减保护区面积达591公顷，至今未得到整改。
重金属污染是云南省面临的突出环境问题，也是2016年督察重点关注问题。但有关地方和部门重视不够，口头上积极整改，行动上却打折扣。整改任务较重的曲靖、红河等市（州）党委、政府没有履行好生态环境保护主体责任，而是简单将整改任务转交区县。文山州直至“回头看”进驻前才成立历史遗留砷渣综合治理工作领导小组，召开第一次会议就将整改完成时限从2018年底延长至2020年底，80万吨历史遗留砷渣无害化处置进展缓慢。红河州建水县政府及有关部门对放马坪货场环境违法行为长期失察，致使5000余吨铅锌冶炼废渣露天堆存，环境风险突出。
另外，“回头看”受理的群众举报中，有202件与2016年督察受理举报重复，经调查多数没有查处整改到位。德宏州瑞丽市2016年在查办违法开采砂石举报案件时，以“一刀切”方式关停所有砂石场，后又违规批准部分未取得合法手续的砂石场恢复生产；此次“回头看”时，再次采取“一刀切”临时关停措施，影响恶劣。
二是整改责任不落实。云南省未对整改方案明确的强化饮用水水源地保护任务进行分解，截至2018年5月，全省地级以上城市集中式饮用水水源保护区仍有37个环境问题未整改到位。省农业厅对整改工作推诿敷衍，在禁养区畜禽养殖关闭搬迁工作中不作为，截至2017年12月未实质性开展工作。对一些突出生态环境问题查处问责不力，文山永安环保有限公司长期违法生产，运行记录造假，严重污染环境；丽江古城湖畔国际高尔夫球场违规侵占拉市海高原湿地自然保护区，但当地多次虚报称没有侵占保护区等等；云南省均未及时查处并依纪依法问责。 |
