然而，目前仍有一些障碍阻碍了大湾区科技市场的一体化。他分析道，与普通货物的通关不同，科研的设备、样本、数据对流通的透明度和效率要求更高，因此大湾区的科技市场一体化对于科技要素的跨境流通提出了一个紧迫的需求。与之相关的是边境内开放和边境开放的问题。深港之间有七个陆路口岸，只有个别口岸是“一地两检”，不利于两地的科技合作。他认为，可以考虑设置“科技口岸”，为科技要素及科研人员设立专门的通道。此外，目前香港与内地之间还涉及市场准入的问题。目前国家已经颁布实施了《外商投资准入负面清单》，但科技人才的流动、境外消费、跨境交付等并不包含在内，不能完全解决大湾区科技一体化的难题。另一方面，香港与内地法制不协同的问题也需要解决，否则无法实现共同的立法保障。这将带来不小的隐患。
对此，郭万达提出了两点建议。第一，联通港澳的科技市场体系。粤港澳大湾区一体化的第一步就是联通港澳，包括服务业、科技、政务、金融市场等多方面的体制联通。他建议编制一份大湾区跨境科技服务贸易的负面清单，用负面清单的管理方式来推动大湾区科技市场体系的建立。
第二，促进粤港澳之间科技要素的高效便捷流动，推动科技人才、科技资金、科技信息的流通。此外，大湾区还要形成若干科技的市场，例如知识产权的市场、数据的市场、风险投资的市场等，通过建设细分市场，来搭建市场一体化的重要支撑。目前，前海和横琴两个合作区已经在资金、人才、数据等各方面有了特殊的安排，希望以此为试点，为大湾区的一体化先行先试。
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