金门案告一段落，普遍认为对缓解两岸关系有所帮助，甚至有讨论创造“金门模式”的可能性，刘佩怡对此表示，要称金门案的协商结果创造出两岸交涉的“模式”，言之过早，应该说是民进党政府在两岸关系日益紧张之下，处理两岸争议事件摸索的过程，顶多是个案获得解套，很难套用到处理整体两岸的问题。
刘佩怡指出，金门案虽然两岸双方已达共识，但值得注意的是，先前陆方提出4个诉求，包括“道歉、赔偿、真相、究责”，目前只有道歉、赔偿有初步共识，其他并未真正解决，因此目前的共识仅是针对事件延宕至今，两岸双方折衷下得出的结果，两岸关系仍有许多变数无法掌握，因此金门案不太可能形塑成一种“模式”。
刘佩怡说，当前两岸的问题并非仅涉及渔船碰撞，甚至今年7月发生的澎湖籍渔船遭陆方扣留等问题，即使都是海上争端，但与金门案的性质又完全不同，所以金门案落幕，并无法推论到澎湖案，同时也未必适用于金门胡姓钓客遭扣留案。
刘佩怡提到，可以观察出，这次两岸双方对协商层级的设定，两者大不同，大陆方面虽然协商人员具有台港澳办的身分，但却是以泉州红十字会的名义来金门交涉，台湾方面却是“海巡署”、陆委会站在第一线，层级上产生落差，显然大陆方面不打算将协商定调为“官方对官方”，即使台方感觉上希望以两岸官方立场谈判，可是陆方只愿意以民间立场，代表本次协商只是就个案，并非通案制度化协商。
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