在肯定成绩的同时，我们也要清醒看到面临的困难挑战和突出问题。
一是对长江经济带发展战略仍存在一些片面认识。两年多来，各级领导干部思想认识不断深化，但也有些人的认识不全面、不深入。有的认为共抓大保护、不搞大开发就是不发展了，没有辩证看待经济发展和生态环境保护的关系。有的仍然受先污染后治理、先破坏后修复的旧观念影响，认为在追赶发展阶段“环境代价还是得付”，对共抓大保护重要性认识不足。有的环境治理和修复项目推进进度偏慢、办法不多，甚至以缺少资金、治理难度大等理由拖延搪塞。这反映出一些同志在抓生态环境保护上主动性不足、创造性不够，思想上的结还没有真正解开。
二是生态环境形势依然严峻。流域生态功能退化依然严重，长江“双肾”洞庭湖、鄱阳湖频频乾旱见底，接近30%的重要湖库仍处于富营养化状态，长江生物完整性指数到了最差的“无鱼”等级。沿江产业发展惯性较大，污染物排放基数大，废水、化学需氧量、氨氮排放量分别占全国的43%、37%、43%。长江岸线、港口乱占滥用、占而不用、多占少用、粗放利用的问题仍然突出。流域环境风险隐患突出，长江经济带内30%的环境风险企业位于饮用水源地周边5公里范围内，生产储运区交替分布。干线港口危险化学品年吞吐量达1.7亿吨、超过250种，运输量仍以年均近10%的速度增长。同时，出现了一些新问题，比如固体危废品跨区域违法倾倒呈多发态势，污染产业向中上游转移风险隐患加剧，等等。
三是生态环境协同保护体制机制亟待建立健全。统分结合、整体联动的工作机制尚不健全，生态环境保护制度尚不完善，市场化、多元化的生态补偿机制建设进展缓慢，生态环境硬约束机制尚未建立，长江保护法治进程滞后。生态环境协同治理较弱，难以有效适应全流域完整性管理的要求。
四是流域发展不平衡不协调问题突出。长江经济带横跨我国东中西部，地区发展条件差异大，基础设施、公共服务和人民生活水平的差距较大。三峡库区、中部蓄滞洪区和7个集中连片特困地区脱贫攻坚任务还很繁重。区域合作虚多实少，城市群缺乏协同，带动力不足。
五是有关方面主观能动性有待提高。中央专项安排长江经济带生态环境保护的资金规模不大，有关部门涉及长江经济带生态环境保护资金安排的统筹程度不强、整体效率不高。地方投资力度和积极性欠缺，政策性金融和开发性金融机构的支持力度不够。企业和社会资本参与度不高。干部队伍配备不足，宣传教育不到位，人才培养和交流力度也不足。
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