蒋介石于1949年1月21日，宣布下野，返回奉化，徜徉于武岭山水，闲云野鹤，谋定后动。李宗仁等人要求蒋介石出国，不再过问政事，遭到拒绝。蒋介石不断召见国民党军政要人，对陈诚、孙立人好言安抚，竭尽笼络之能事，又派宋子文赴台湾。闻美国插手台独，蒋介石令王世杰在台北发表谈话：“台湾自1941年中国对日宣战宣言废除《马关条约》起，即在法理上回归中国，决不是地位未定的军事占领区，国人要提防外国帝国主义直接或间接控制台湾的企图”。
4月24日，解放军占领南京。蒋介石离开奉化，直赴上海，徘徊于舟山群岛，于5月16日急电陈诚，拟赴台北。陈诚为难，24小时后方回电，欢迎蒋介石来台。蒋介石无奈，于5月17日直飞澎湖马公海军基地。不久，陈诚、孙立人等高级将领赴马公，面见蒋介石。26日，蒋介石宿于高雄。6月20日，蒋介石悉“盟总对于台湾军事颇为顾虑，并有将台湾由我移交盟国或联合国暂管之拟议”，声明“余必死守台湾，确保领土，决不能交还盟国；如彼愿助我力量共同防御，则不拒绝”。急电麦克阿瑟，“台湾移归盟国或联合国暂管之拟议，实际上为中国政府无法接受之办法。因为此种办法，违反中国国民心理，尤与中正本人自开罗会议，争回台、澎之一贯努力与立场，根本相反”。
蒋介石于6月底赴台北，建立“总裁办公室”，坐镇指挥。访问菲律宾、南朝鲜，以防万一退出中国领土后，在海外建立“流亡政府”。在盟军驻日本最高指挥官麦克阿瑟将军的支持下，蒋介石派彭孟缉到日本，征召退役军人赴台协防。日本战犯根本博等人相继偷渡来台。他们亲历第二次世界大战，具有丰富的实战经验，擅长海岛防御，帮助蒋介石筹划布防。
陈诚推行“三七五减租”、“币制改革”，保证“不允许任何大陆政府接管台湾”。美国驻华使馆参赞莫成德受命赴台，几番交往，发现陈诚不可能与美国合作倒蒋，乃向艾奇逊推荐正在台湾训练新兵的孙立人。孙立人早年留学美国，具有军事才能，恃才傲物，与陈诚的黄埔系、蒋经国的政工系矛盾很深，倍受排挤，深怀不满。他依仗美国撑腰，飞赴东京，与麦克阿瑟商谈台湾防务，引起蒋介石的不安。
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