第二，王英津表示，要研究“一国两制”台湾方案中支撑制度得以落实的机制和政策问题。“一国两制”适用于台湾的“设想”与“方案”是两个不同的概念，前者多见于邓小平时期的论述，而后者多见于新时代的论述。从意涵上说，“方案”是不仅要有“设想”，而且要有落实“设想”的具体制度安排。因此，新时代的“一国两制”台湾方案相较于邓小平时期的“设想”会更复杂、更具体。具体说来，新时代的“一国两制”台湾方案是一个由不同层次的制度和机制所构成的制度体系，主要包括以下两个方面。
一是在纵向意义上，作为“方案”的“一国两制”制度体系包括制度设置、执行机制、监督机制和政策措施四个层次的制度。过去一段时间内，“一国两制”台湾方案的基本框架多停留在制度设置层面，这其实是不全面的。在以上四个层面的制度中，制度设置是重点，是相对宏观的、确定的。但制度设置中比较复杂的情况是，有时在两种制度之间存在着过渡或交叉，致使相应的制度类型不容易被识别和把握。执行机制是落实制度设置的一系列具体工作制度、环节、过程，是为落实制度设置而规定的操作层面的安排。相对于制度，机制缺少宏观性和确定性，而侧重程式性和过程性，其目的更多在于保障制度设置的有效运行。从目前“一国两制”台湾方案的研究来看，学界多聚焦于“一国两制”适用于台湾的制度设置，而忽略了保障制度实施的执行机制，后者应成为今后探索 “一国两制”台湾方案的重点。监督机制是制度设置和执行机制的硬性约束和外在保障。在制度确立后，还必须建立起监督机制以保障制度得以落实，因为制度和机制需要靠权力主体来执行和运作，只有建立起强有力的监督机制，才能防止权力主体在制度和机制之外滥用权力，进而保障制度和机制能沿循着法律法规预先铺设好的轨道运行。政策措施主要是指设计好一个方案后，要将方案付诸实施时还有一个时机选择的问题。因为制度和机制的实施需要具备一定的条件和时机，如果条件和时机不成熟，即便设计出优良的制度及其配套的落实机制，也难以取得实效。实践表明，不同制度和机制的实施需要具备不同的适用背景、情形和条件。需要注意的是，以上四个层次的制度区分不是绝对的，而是相对的。在此场合为第二层次的制度（执行机制），在彼场合可能就成为第一层次的制度（制度设置）。
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