杨仁飞表示，两岸南海合作亦须分层次，依次推进，不能急于求成，其一视合作的可行性与可操作性确定内外合作的优先秩序，在两岸未有协议之前，各自利用自己的优势与能力，对外进行调和、干预或采取有利于维护我南海主权、又能促进南海和平的合作举措，即采取兄弟登山，各自努力的方式；
其二，两岸南海合作，最理想的方式是追求制度性、机制性及最终达到法制化的安排，如在新阶段两岸谋求建立包括南海事务的军事安全互信机制与和平协议；
其三，是低敏度与高敏度事务的合作。原则上两岸先在低敏度事务上进行合作尝试，然后进行高敏度事务的合作，但两岸相关机构可根据突发事件的紧急度、重要性也可启动高敏度事件可行性的合作方案。
杨仁飞还指出，可以项目与突发事件为合作起点的合作路径，鼓励两岸民间共同开发南海，鼓励两岸学界深入、全方位开启南海项目研究，传递两岸共同应对南海争端的民间决心与意志，鼓励两岸官方与半官方机构联合开展海洋资源调查与研究，大气与海上气象预报，海上人员与船只救难与海上安全、渔业资源共同管理等。
杨仁飞建议，两岸应尝试建立南海重大事端信息沟通机制，探寻两岸共同开展南海外交的可行性方案，两岸应在遵循“一个中国”原则的基础上，鼓励台湾利用自身的优势，特别是民间社会团体在国际舞台上，为捍卫南海主权、传播海洋文化交流、保护珊瑚礁等在内南海岛礁生态环境方面发挥更积极的作用。他还指出，目前两岸东海、南海未能合作，除了美国的施压、台湾自身利益的考虑外，两岸均无各自具体的法律与条例来推动双方的合作，然而，随着南海、东海等主权争端不断升级，突发性事件增多，两岸应该提早规划，因应由此可能引发对两岸人民生命与财产安全的挑战。
最后，杨仁飞总结道，两岸南海合作应从交流开始，从交流中探索合作的可能性，增进合作的意愿与彼此的信任，“以小事大以智，以大事小以仁”，小与大、智与仁均是相对的，两岸各自要有处理复杂关系的智慧与胸襟，禀持同理心，客观地理解对方的处境与内心感受，且把这种理解传达给对方，结论不管是暂时搁置争议，还是分歧中趋向共识，都应影响彼此维护与推动两岸关系向前的决心与行动。 |
