5.两岸两会互设办事机构的步骤
由于在海基会组织条例中已有规范可以在大陆设立分支机构，因此必须要先处理海协会在台湾可设立分支机构，双方才能秉持对等原则。对于两岸两会互设办事处议题展开协商，因此“行政院”特别拟订《大陆地区处理两岸人民往来事务机构在台湾地区设立分支机构条例》，替两岸两会互设办事机构创造条件，扫除障碍。
上述这些概念若不厘清，恐怕在探讨两岸两会互设办事机构议题，将会产生许多的困惑及名词用语及内涵上的混淆。
对于两岸两会互设办事机构，首先，我们究竟应当如何看待两岸两会互设办事处，应当是期待勿太高、它并非是解决两岸事务性议题的万灵丹，它在既有小两会（台旅会及海旅会）的现行运作下，一是办事处妥善处理好与大两会（海基海协会）的关系，一是避免与小两会造成迭床架屋、功能重覆及部门本位间的冲突。
事实上，两岸两会互设办事机构成为热门议题，已经超过一年。去年马英九在发表的双十文告中，就相当明确表达台湾将通盘检讨修正《两岸人民关系条例》，同时提到应尽速推动两岸互设办事机构；马英九并责成相关单位将互设办事处列为两岸工作重点。十月底海基会董事长林中森首度访问大陆时，主动提出两岸互设办事机构的政策方向，并建议双方组成专案小组，具体推动互设办事处的工作，显见两岸两会互设办事机构为马政府大陆政策中相当重要的一环。
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