（二）两岸经济制度化合作理念有偏差
两岸经济关系发展过程中，台湾当局迄今尚未给予大陆WTO会员待遇，对大陆经贸政策没有遵守WTO的最惠国待遇原则，表现为如上所述的禁止或过分限制进口大陆产品，禁止或过分限制台商投资大陆，禁止或过分限制陆资入台投资，等等。除此之外，在两岸经济制度化合作中，台湾方面存在明显的合作理念偏差，影响到两岸经贸活动正常化与自由化进程，进而影响到两岸经济关系发展成效。
其一，较多注重自身经济利益，而对两岸共同利益重视不够。两岸经济合作协商谈判中，台湾当局及业者多希望大陆单方面持续“让利”，多向台湾业者开放市场，而不太考虑也须将台湾市场相应开放给大陆业者；比较重视将台湾生产的产品与提供的服务出口销售给大陆，较少考虑与大陆进行生产与经营合作，以整合两岸互补性优势与比较优势，共同提升两岸的国际竞争力，并形成“你中有我、我中有你”的融合发展格局，增进两岸共同利益。
其二，较多注重生产者利益、短期利益与静态利益，而对消费者利益、长期利益、动态利益重视不够。两岸经济合作协商谈判中，台湾方面比较重视贸易合作，而不太重视进行投资、生产、经营、研发合作；希望大陆能够减免关税进口更多的台湾产品，而不太愿意减免关税进口大陆产品；希望大陆多开放服务贸易市场给台湾的服务业者，而不太愿意开放台湾服务贸易市场给大陆服务业者。这种心态与做法，表明台湾当局较多注重台湾企业生产者利益、短期利益与静态利益，而对事关台湾民众消费者利益、长期利益与动态利益的台湾自身市场开放方面，明显重视不够。
新形势下两岸经济关系发展前景展望
如上所述，近年来的两岸经济关系在发展中一直存在影响其发展动力与成效的诸多问题。而当前，两岸经济制度化合作与两岸经济关系发展，正面临新的国际形势与两岸形势，特别是大陆经济发展转型、两岸关系稳定性以及相应的政策驱动力进一步弱化的影响，可能步入衰退期。
1、国际需求衰退的影响
台湾接单或上游基地—大陆中下游组装制造基地—最终产品出口国际市场，这一两岸在国际产业分工与合作中的现行模式，使得两岸贸易、两岸投资的发展，因国际经济危机、欧美日需求市场的衰退而受到较大冲击。这凸显了两岸在国际产业分工与合作中的现行模式在国际产业分工与国际市场竞争中的不利一面，也表明，需要调整两岸在国际产业分工与合作中的模式。
今后一段时期，正如“十三五”规划纲要指出的，“国际金融危机冲击和深层次影响在相当长时期依然存在，世界经济在深度调整中曲折复苏、增长乏力。主要经济体走势和宏观政策取向分化，金融市场动荡不稳，大宗商品价格大幅波动，全球贸易持续低迷，贸易保护主义强化，新兴经济体困难和风险明显加大。”（国务院，2016）⑦。国际需求疲软甚至衰退，将从外部需求方面影响到两岸经济关系的发展。
2、大陆经济发展转型的影响
“十三五”规划纲要要求，“牢固树立和贯彻落实创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，以提高发展品质和效益为中心，以供给侧结构性改革为主线，扩大有效供给，满足有效需求，加快形成引领经济发展新常态的体制机制和发展方式”。“十三五”规划纲要实际上要求中国大陆经济加快正在进行的发展转型步伐，必将对“十三五”时期的两岸经济合作特别是大陆台资企业再发展产生相应影响，提出相应要求，同时也提供了新的机会与空间。
其一，生产要素投入层面的转型与影响。
因应生产要素成本上升、资源能源环境压力，“十三五”规划纲要显然要求当前大陆经济发展在生产要素投入层面要加快从粗放型发展（资本、劳动力、土地等生产要素大规模低效率投入）向集约型发展（提高生产要素产出率）转型。在引进外资方面，体现为从过去的招商引资到现在的挑商选资。这显然冲击到粗放型生产经营的台资企业，冲击到许多科技含量不高的中小台资企业，冲击到对环境有污染的台资企业。因此，新形势下，台资企业需要走集约化生产经营道路，进行研发、生产与行销等业务的重构与战略整合，提高生产要素产出率。
其二，市场需求拉动层面的转型与影响。
因应人民币升值、国际市场需求衰退、国内收入成长消费水准提升，“十三五”规划纲要显然要求当前大陆经济发展在市场需求拉动层面要加快从外需拉动发展为主向内需拉动发展为主转型；从过度依赖公共投资拉动发展向更多依赖民间投资、消费需求拉动发展转型。这显然冲击出口生产型台资企业，需要并可以转向内需市场。但与此同时，开放私人投资，私人消费与内需市场增加，台资企业也因此面临新的投资机会、合作机会。
其三，产业结构层面的转型与影响。
随着工业化的初步完成与人民收入生活水准的提升，“十三五”规划纲要显然要求当前大陆经济发展在产业结构层面要加快从工业化向后工业化发展，需要大力发展先进制造业与现代服务业，包括生产性服务业与生活性服务业。这显然会冲击到先前的传统制造业台资企业，但在先进制造业与服务业方面将带来新的投资与合作机会。
其四，效率与公平层面的转型与影响。
因应贫富分化与社会矛盾，“十三五”规划纲要显然要求当前大陆经济发展在效率与公平层面要加快从先前的效率优先、兼顾公平向缩小收入差距、构建和谐社会的方向发展。这将导致劳动力成本的上升，冲击到劳动力密集型产业的台资企业；但与此同时，大陆内需市场将进一步成长，有助于高端市场的形成和产品差异化经营，从而带来新的投资与合作机会。
3、两岸关系稳定性的影响
经济关系与政治关系存在相互影响的互动关系。两岸经济关系发展无疑会受到两岸政治关系的影响。两岸政治关系主要通过影响两岸经贸政策而影响两岸经济关系发展。
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