这时期，民进党从“民主制衡”，走入“台独化”；然而这个阶段却很快就结束了，民进党下的猛药并无法为党的选举成果带来成长，因为这时期激进的台独诉求仍是“票房毒药”。民进党通过《台独党纲》后，在该年底的国代选举中遭受重挫。因而在第二年的立委选举中，民进党不得不淡化“台独”诉求，主打公共政策牌。台独党纲虽然没有修改，但从此也避谈台独党纲。
此后，民进党内为如何取得执政而反复辩论，最后决定以总统直选做为突破口，并且全力转型，主打公共政策。施明德接任党主席后，大力推动政党大和解，进一步希望淡化台独色彩。直到1996年台湾第一次民选总统产生后，民进党才又提出“台湾优先、安全第一”的新论述。由于有1995、96年的飞弹军演危机，民进党意识到要取得政权，必须对中国问题提出政策，在98年召开中国政策研讨会，提出“台、中双边谈判的基本原则”、“全方位的台、中互动关系”与“强本西进取代戒急用忍”等三项共识。由于李登辉在1998年的台北市长选战中，拉着马英九的手高喊“新台湾人”的诉求，一举击败争取连任的陈水扁；民进党向来引以为傲的本土论述受到挑战。1999年大选前的第八届第二次全代会，民进党通过《台湾前途决议文》，取代台独党纲；陈水扁并提出所谓“新中间路线”，全面包装美化民进党的台独色彩，把台湾论述中的台独意识模糊化。
解析以民进党及台独团体等泛绿阵营的台湾论述，主要由以下论点构成：1、马关条约割让台湾，显示中国对台湾的背弃，是中国人先对台湾人不仁不义；2、“二二八事件”证明外省人欺压台湾人，台湾人要反抗、要当家作主；3、“二二八事件”是台湾要求独立而被中国残酷血腥镇压，台湾住民有权自决要求脱离中国的统治；4、中日和约中日本只放弃台湾主权但并未表明主权归属，台湾不属于中国，台湾的地位仍处未定状态；5、中华民国是外来政权，她在国际间已经不被承认；6、国民党是戒严政体外省政权的复辟，她以黑名单让海外台湾人有家归不得，以戒严令让台湾人被外省人少数统治；台湾人应该站起来反抗，台湾人要当家作主。7、“国、共和谈”会出卖台湾，台湾会被迫接受中国的一国两制；8、台湾必须正名、制宪，建立台湾共和国；9、如果暂时无法建国，则台湾至少已经是主权独立的国家，两岸互不隶属，一边一国。
民进党台湾论述的演变，清楚的呈现出它是以台独史观为蓝本、塑造台湾民族论与台湾意识；同时，利用“二二八事件”的历史伤痕，煽动省籍的矛盾与对立；再以反对外来政权压迫为由，将国民党与中国画上等号，要求制宪、正名；并从台湾地位未定论出发，以美、日安保条约当护体，强言美、日将干预台海冲突，藉以建构两岸“一边一国论”的安全观；最后以反对“一国两制”、反对中国并吞为由，强化去中国化的正当性。扁政府以台独为本的台湾论述实际上与过去国民党的反共论述一样，都是挟行政力强销给人民的意识型态，这样的论述存在以下基本的错误推论：
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