再者从行政与立法间的关系来探讨，学生版认为行政与立法权一起参与协商显然违背权力分立的精神，必且要先经过“立法院”同意后才能协商，显然突显立法优于行政，那么干脆由“立法院”提案即可，由“立院”代表去与大陆谈，此谬论岂有可能？反观“政院”版仍秉持一般正常情况由行政机关以专业负责态度对外谈判，而“立院”若遇修法部分则须进行监督，其它则备查即可；既将行政立法分工负责，并且合乎国际惯例一般正常情况，立法机关也能充分参与，在权力分立原则的指导下进行分工合作。
另就对于谈判的影响来说，学生版第六条规定协商九十天前先提缔结计划，这非但不符合一般国家及地区正常状态，极有可能造底牌先露、谈判筹码丧失情况；而“政院”版情况则是对于业务沟通中具有重大进展或阶段型成果，应说明之，如此方可尽最大可能避免对方摸清底牌，也是一般比较常见的作法。
学生版的条例都是十分另类，既不按照国际通用情况，也完全无视与现行法规接轨，任凭只要我喜欢有什么不可以，完全忽略此事可能带来的后果及副作用，就如学生版对于签署协议时效的影响，完成协商后由协定机关在协定签署前180天，完全忽略现实迫切性需要，倘若不急迫甚至可以不签或延签；反观“政院”版第十二条即规定协议统筹办理机关报请“行政院”同意始可签署，合于一般国家外交缔约的情况。
更荒唐的是，学生版对于有无溯及既往在二十一条中规定该条例未生效前，未依学生规范所签之任何协定不生国内法的效力，也就是不管是ECFA及两岸间二十一项协议及台湾所签之FTA全部在台湾都不生效力，实在太过离谱。
笔者必须点出几个更严肃的问题。其一学生版完全忽略双方意愿及现行可操作性；其二学生枉顾国际看法及大陆当局意愿；其三学生完全忽略台湾现行相关法规及制度安排，这些学生所开出的协定非但会贻笑大方，也会引起美国等国际力量的高度关注，也千万不可低估大陆当局反弹的力道及所采取任何方式的举错。我们都十分清楚大陆当局对台底线，除反分裂国家法外，诸多政治性谈话及政策主张，其中当台湾无法有效运作或是发生内乱及外国势力必须出面时，可能大陆当局就会采取一些必然措施，笔者实在不愿见到李登辉时期的飞弹危机重现，虽对选举结果有利，但对大局不利，不仅拖累美国等国际势力，对两岸更是造成难以弥补的遗憾，虽然台湾目前官方还尚能有效运作，但这批学生继续恶搞下去，恐怕后果难以收拾。
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