2013年7月9日，“南海当前法理挑战与两岸合作”学术研讨会，菲律宾提出的仲裁案成为讨论的主轴。吴士存指出，两岸的合作方式，首先，继续推动南海院与国关中心每年出版的《南海形势评估报告》，并以中英文版本出版；两岸探讨相关渠道对菲仲裁案表达共同立场，发出两岸学术界的声音；其次，两岸组成研究U形线的共同课题组，正式将U形线法律地位向国际社会公布；其三，大陆方面认为南海争端中的台湾因素不应忽视，在准备行为准则的谈判中，台湾的角色须与大陆讨论；其四，台湾应成立“影子专家团队”应对菲律宾提出的仲裁案，并与大陆进行沟通；其五，两岸共同研究南沙群岛的领海基线；其六，目前大陆已经控制黄岩岛和仁爱礁，台湾应加以呼应和协廵，尤其是仁爱礁；最后，南海院将应对菲律宾提交的仲裁案在该院网站开辟英文网站，支撑网站的文章从两岸学者之间邀稿，成为国际学术界理解两岸民间立场的管道。此种围绕仲裁案刺激下的两岸合作，致使两岸必须直面九段线的定义。
2013年12月26日，延伸与中南海院的合作，以南海院为重要支柱的南京大学中国南海研究协同创新中心主办的“两岸南海问题研究圆桌会议”中，刘复国在总结发言中就“断续线问题”、“能源问题”、“渔业资源问题”、“人才培养”、“舆情与公共外交”、“国际仲裁案”、“周边国际关系”、“岛礁定位掌握”等八个方面提出了具体建议，强调南海问题解决中“历史性”与“当下性”的结合，显示两岸对南海历史声索与当前周边甚至域外国际社会的挑战，已经刻不容缓。
（二）《南海地区形势评估报告》的成果回顾
2011年8月首度合作以来，迄今已连续3年由两岸南海研究学者参与共同撰写《南海地区形势评估报告》。报告分别为南海地区形势评估、中国大陆的南海政策作为、台湾南海政策作为、东协的南海立场、越南的南海战略布局与操作、菲律宾的南海政策立场、美国南海政策动向、日本、澳洲及印度南海政策动向、南海合作展望等，并附有该年度的南海大事记等内容。报告最后章节也会提出两岸南海合作的建议。
《2010年南海地区形势评估报告》建议海峡两岸加强在南海问题方面的合作，建立两岸合作的政治互信和两岸南海事务性合作，推动建立两岸军事协调机制和两岸南海油气资源的合作开发。《2011年南海地区形势评估报告》提出了共11项两岸南海合作的政策建议，内容涵盖南海问题法理研究、南海科考、水下考古、生物资源养护与生态保护、渔民救助、油气资源勘探与开发、南海执法合作等诸多领域。《报告》还设计了两岸南海合作路线图，认为两岸在南海合作的思路上，应遵循先易后难、循序渐进的步骤，先从学术性、经济性、功能性领域开始，逐步延伸到其他领域。当前首先应争取将两岸南海合作事务纳入海协、海基两会协商机制中。
2014年1月，《2012年南海地区形势评估报告》指出两岸具体的合作领域包括：一是加强南海学术领域的合作；二是推进南海渔业资源开发领域的合作；三是增进南海生态环保领域的合作力度；四是深化南海科考、资源调查勘探等领域的合作；五是加强南海油气资源勘探开发领域的合作；六是拓展海洋文化领域的合作与交流。迄今为止的三本报告具有自身的连贯性，总结南海情势后所提的合作建议也具有相当的持续性。
台湾对两岸海洋事务合作的立场
依据马英九竞选时期的海洋政策，以及因应两岸关系的持续改善，马英九政府对两岸适足以建立海洋事务合作的机制包括如次。
（一）由小三通所衍生之两岸海洋事务之处理
自2008年6月19日起，台湾陆委会放宽“小三通”，凡持有两岸入出境有效证件的台澎金马人民、外籍人士、台湾人民的陆籍配偶和子女，以及在台工作外籍人士的大陆配偶，都可以经由“小三通”往来两岸。为落实马英九的823和平宣言，以及因应两岸海运直航即将实施，同年9月推动“小三通”正常化，进一步放宽“小三通”人员、航运、贸易等往来限制，包括：适度开放大陆人民运用“小三通”进出台湾；简化人员入出手续；贸易及航运便捷化措施等，进一步开放大陆旅客可以经由金马小三通中转台湾，也将藉由开放小额小量农渔产品免税进口，简化通关程序，以引导地下贸易全面合法化。
澎湖亦于10月15日加入“小三通”常态化，除了开放澎湖旅游的常态化，也扩大澎湖专案货运直航，开放大陆籍船舶以专案方式自大陆载运砂石、块石直航大陆，以及开放大陆水泥（仅限袋装）及钢筋等建材以专案直航方式自大陆运至澎湖。小三通正常化政策确立后，结合离岛博弈特区之政策，陆续提出包括邮轮旅游等海洋观光构想，而该等政策势将涉及海港建设、航运、海关与渔业贸易的品质检疫等问题，有待两岸进一步的协议处理。
（二）两岸渔业合作相关事务
虽然两岸通过了《两岸渔船船员劳务合作协议》，但是具体细节尚需要双边持续商谈，因此台湾方面授权“两岸渔业合作基金会”持续进行对口，此为具有官方性质的民间管道。除了渔船船员劳务合作之外，两岸渔业合作尚包括海上作业安全、渔业资源保育、渔业交流等事务，同时根据马英九竞选政见提出的“永续渔业”主张，应当“依据国际规约，促进水产品贸易制度化”，亦即“依据世界贸易组织（World Trade Organization, WTO）和联合国粮农组织（Food and Agriculture Organization, FAO）等国际组织所订规约架构下，促进水产品贸易制度化；检讨现有措施，加强两岸渔区、渔工、检疫、保育等问题的海事协商，以保护两岸共享的渔业资源。
同时，研究开放大陆水产品限量、限地、限时进口之可行性，透过两岸协商与海上强力执法，消除大宗水产品走私交易，确保检疫与国境安全”；另外，也积极“保障生计渔业，严格取缔大陆越界捕捞”，“降低沿、近海小船总吨数，由政府编列专款收买老旧渔船，减少对大陆渔工的人力资源依赖；投资海洋高级养殖技术，减少远洋捕捞总额；规划渔区、规范渔法和禁渔期，对于越界之非法的毒、电、炸、拖等行为，强力取缔”。一方面，处理传统的两岸渔业与贸易的积弊，另一方面，也提到两岸共同针对渔业的具体问题进行协商，该等政策主张皆需要两岸共同持续合作。
（三）两岸直航后的港口转型与海事合作
两岸达成“海峡两岸海运协议”，此项协议可谓具划时代的意义。根据协议，两岸应“建立海难搜救联系合作机制，共同保障海上航行和人身、财产、环境安全。发生海难事故，双方除及时通报外，并按照就近、就便原则及时实施救助。”两岸间由于海难或灾害事件频传，亟需建立“海上救难与污染防制机制”，过去囿于主权争议，在海上救难与执法等事项上，一直以非正式的默契进行，此协议对于建立两岸海事的合作系重要的实质进展。
对应于马英九政府的“航运发展”政策，提出“设立航政局，提升航政绩效”，以及“推动两岸直航，促进双方共同利益。前者主张：「回归宪法，设立‘航政局’，制订明确的国轮航运政策，推动港务机关法人化与国际化；厘清港市分工，明确定位各港口功能，避免重复浪费；尊重专业，港埠管理与全球接轨。同时建立实质鼓励机制，让高雄港和其他港埠止跌回升，恢复航商和从业人员的信心”；后者内容为：“在确保国家安全与台湾产业发展的前提下，规划适宜港埠，开放两岸直航，争取亚太转口货运与航商进驻，促进两岸互利共荣”，显示放眼海洋航运须先推动两岸正常化航运的政策思考。
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