共管区的属地管理事务实行粤澳合作双重管理体制，中央垂直管理的海关边检等事务不属共管范围。原横琴新区管理委员会及其工作部门被撤销，新组建的横琴粤澳深度合作区管理委员会、执行委员会及其九个工作部门，以及新设的中共广东省委横琴粤澳深度合作区工作委员会和广东省人民政府横琴粤澳深度合作区工作办公室两个派出机构，在各自职权范围内，分工合作。前者负责对共管区的国际推介、招商引资、产业导入、土地开发、项目建设、民生管理等事务进行决策和管理，后者负责共管区的党的建设、国家安全、刑事司法、社会治安等工作。
从《广东省人民代表大会常务委员会关于横琴粤澳深度合作区有关管理体制的决定》（2021年9月17日）看，横琴粤澳深度合作区管理委员会并非对外履行职能的行政主体，而是内部的领导机构；执行委员会及其工作部门才是对外履行职能的行政主体。执行委员会依法承接原珠海横琴新区管理委员会有关权利和义务，其所属工作部门根据授权或受委托享有广东省人民政府及其有关部门以及珠海市人民政府及其有关部门享有的有关省级、市级管理权限，包括行政管理权和地方规章制定权。执行委员会的主要负责人由澳门政府委派，执行委员会和工作部门的公务员也由澳门公务员和内地公务员组成。这种以澳门为主导的双重管理体制确实是对“一国两制”原则的创造性适用和突破性发展。
澳门实行自由港、自由汇兑、网络自由和低税制度，从功能主义立法角度，对本应适用于共管区的经济行政、税收、劳动和社会保障法律、行政法规的调整和变通立法，促进共管区与澳门之间更进一步的跨境人员、货物、资金、数据的有序自由流动，使得共管区工作生活的澳门居民享受如同澳门境内一样的劳动和社会福利保障，是正在进行且未来可能不断取得突破的制度变迁。 |
