（二）菲律宾提请仲裁事项的实质是南海部分岛礁的领土主权问题，或构成海洋划界不可分割的组成部分，仲裁庭对此没有管辖权
根据《公约》，仲裁庭的管辖权限于有关《公约》的解释和适用的争端。领土主权问题不属于《公约》调整的事项范围。另外，中国于2006年根据《公约》作出声明，将与海洋划界有关的争端排除适用包括仲裁在内的强制解决程序。因此，南海仲裁案仲裁庭对中菲领土主权和海洋划界争端均没有管辖权。
菲律宾将其所提仲裁事项主要归纳为以下三类：第一，中国在《公约》规定的权利范围之外，对“九段线”（即中国的南海断续线）内的水域、海床和底土所主张的“历史性权利”与《公约》不符；第二，中国依据南海若干岩礁、低潮高地和水下地物提出的200海里甚至更多权利主张与《公约》不符；第三，中国在南海所主张和行使的权利非法干涉菲律宾基于《公约》所享有和行使的主权权利、管辖权以及航行权利和自由。菲律宾声称其诉求所涉事项与同中国的领土主权和海洋划界争端无关。
但是，菲律宾提出的各项仲裁事项已涵盖判定主权归属和进行海洋划界的主要步骤和主要问题。
关于菲律宾提出的第一类仲裁事项，中国在南海的历史性权利形成和发展与中国确立对南海诸岛主权的过程是一体的，菲律宾所称中国历史性权利存在的区域与双方有待划界的区域重叠。因此，不能脱离中菲领土和海洋划界问题而单独处理。
关于菲律宾提出的第二类仲裁事项，脱离了国家主权，岛礁本身不拥有任何海洋权利。只有对相关岛礁拥有主权的国家，才可以基于相关岛礁提出海洋权利主张。在此基础上才能评判有关海洋权利主张是否符合《公约》。因此，如果有关岛礁的主权归属未定，以该岛礁主张海洋权利的前提就不存在，也不构成一个可以提交仲裁的具体而真实的争端。此外，低潮高地能否被据为领土，这本身也是一个领土主权问题。《公约》对低潮高地能否被据为领土并未作出规定。
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