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| 两岸统合学会“一中三宪，两岸统合”的主张，在会上引发许多讨论。 |
第一个层次，在原则性问题上，大多数学者都共同主张，虽然它不该是统一协定，但应该要体现一中原则，只是表述上可以更为技巧。而由两岸统合学会所提供的一份草案，有学者认为从“互相承诺不分裂主权与领土”上说，已经相当技巧，当然也可以再谋改进。整体而言，有关和平协定的问题，两岸学者在原则问题上，还是有着相当共识的。
第二个层次，对于和平协定究竟该分步走，还是将“结束敌对状态”与“开启和平发展的途径”两个部分放在一起，有不同的看法；但无论分步与否，多数学者还是主张应该纳入结束敌对状态，也应该要能指引和平发展的愿景与途径，亦有人主张应纳入军事互信机制。
第三个层次，则是法律层次的立法技术问题。这部分包括其法律位阶、缔约主体、效期、监督机制等等，显然还在很初步的讨论阶段。大多数与会者认为，未来两岸和平协定的性质，应该还是偏重在政治性的法律文件。
在此次会谈的尾声，全国台研会副会长许世铨对整个会谈做了一个十分精辟的概括，他表示，此次会谈以“两岸和平发展路径”为主题，是非常具有意义的。两岸今天的当局都追求和平发展，但和平发展的过程，对大陆而言乃是“过程为了目的”，可是台湾却是“过程决定目的”。为了不要在追求和平发展的过程横生枝节，两岸有必要寻求“后九二共识的论述”，以尽速建立政治协商的基础。
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