“两岸在法律方面合作的程度和水平落后于两岸关系和平发展的实践，或者说，是与两岸关系发展不匹配。从各自保障的角度讲，大陆涉台法律体系基本成型但不够完善，有关经贸领域的、投资保障方面、台商的权益保障，经贸领域涉台的法律设定比较多，但民生方面、知识产权等做得比较弱。还有就是大陆涉台法律体系制定比较早，有些需要根据新的形势去调整完善。对于大陆这一块的涉台体系，建构完善方面还要加强。”朱卫东表示，“台湾方面涉两岸关系的法律体系也需要根据两岸关系发展新形势进行调整和完善。因为台湾政治不确定性，主要是蓝绿间非理性的政局恶斗，导致很多亟待解、亟待决审议通过的法案还通不过立法院。马英九今年就开始说的要在余下任期做的三件大事，其中一件就是要审议修订两岸人民关系条例，但看着这种状况在‘立法院’这个会期都很难。”
朱卫东还指出，因为台湾政治发展的复杂性，特别是周期性选举对两岸关系的冲击比较大，加上现在两岸关系发展的一些涉外因素，如美国重返亚太及日本右倾等，都不同程度地影响两岸关系的发展。“这就要求我们从法律层面上来讲，需要两岸法学界，政治理论实务界也好，去共同努力。”
至于努力的具体方向，朱卫东说，首先就进一步去巩固2008年以来所形成的成果，以法律的形式推动两岸关系的法制化进程及机制化进程。两岸关系法治化进程，是两岸关系和平发展基础的民生工程，也是很重要的法律保障工程，需要去共同努力。
朱卫东还说，对法学界来讲，下一步两岸需要努力的方向就是怎么样用法治的思维和方式去巩固两岸关系和平发展的势头，保障两岸发展的成果。其实这就是一个两岸关系法制化的工程，让两岸关系发展的势头和成果不受岛内政治不确定因素干扰，不受外力影响，这既是目标也是手段。
朱卫东表示，台湾方面其实也需要去调整，因为它低于大家的预期。两岸目前签署的21项协议用台湾舆论的话来说就是21条高速公路，使得两岸关系能够通过制度化的管道。但是，两岸服贸协议在岛内由于政治原因迟迟在“立法院”不能审议，更令人担忧的是，台湾的立法部门特别在民进党的操纵下，要制定一个两岸协议监督条例，这个条例其实是对两岸关系发展不是一个正面的发展方向，反倒扮演了一个刹车的角色。
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