奥本海默的共谋确实给他带来了威望和机会。然而，他浪费了这一点，并在核武器的使用和未来问题上输掉了四场关键的政治斗争：示威攻击、在波茨坦会议上开始谈判、战后军备控制建议以及不争取更多的利益，比如威力强大的氢弹。
1945年5月31日，政府原子研究咨询小组“临时委员会”会议议程上的两个关键问题是如何使用原子弹以及如何与苏联沟通。奥本海默、洛斯阿拉莫斯的绝大多数科学家，甚至德怀特·艾森豪威尔将军，都支持对一座空岛进行袭击。但哈佛大学校长詹姆斯·科南特却建议“建立一个重要的战争工厂……周围环绕着工人的房屋”。
在这次关键的决策会议上，奥本海默并没有反对以平民为目标，而只是注意到炸弹的视觉效果和同时打击的可行性。当格罗夫斯获得批准将西拉德等持不同意见的科学家从该项目中清除时，他也保持沉默。奥本海默认为，他用这些背叛换取了一个承诺，即苏联将被明确告知炸弹及其计划使用情况。这些讨论意味着苏联不会以一种可怕的方式措手不及，从而刺激军备竞赛。但相反，在三位一体试验成功后不久的波茨坦会议上，杜鲁门与苏联领导人斯大林的会面中，只是漫不经心地、含糊地提到了一种新武器，并没有与他的对手进行认真的讨论。奥本海默在这两点上都失败了。
日本原子弹爆炸后，奥本海默第一次见到杜鲁门时，出于沮丧和激动，奥本海默脱口而出：“我的手上沾满了鲜血。”杜鲁门多年来一直在思考这个问题，重述和修饰这个轶事，有一次他声称他拿出手帕说：“好吧，在这里，你想擦擦你的手吗？”他离开后，杜鲁门立即称他为“哭泣的婴儿科学家”，并且永远不会再相信他。
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