直到1991年4月22日举行的第一届国民大会第二次临时会，三读通过废止《动员戡乱时期临时条款》并通过《中华民国宪法增修条文》，5月1日废止《动员戡乱时期临时条款》。然而，此时就在政治秩序上衍生十分严肃的宪法问题：
第一是在中华民国宪法之下，北京政权是否合法？
第二是在中华民国宪法之下，北京政权的政治身份为何？
第三是在中华民国宪法之下，北京政权与台北的中华民国政府的关系为何？
而上述严肃的宪法问题背后就存在着海峡两岸原本同属一个国家、一个中国原则，否则上述的问题，根本就不存在。
第一、当中华民国在1987年宣告台澎地区解除戒严时，上述问题仍不存在，因为部分地区解除戒严，其他仍在“动员戡乱”的法律的约束之下，“两岸同属一个国家”的法理基础没有改变，戡乱的对象也没有改变，但是1991年终止《动员戡乱时期》，其实就是承认中国国民党领导的中华民国政府在国家统治权竞争上的失败，所以在中华民国看来，“终止动戡”即承认“北京政权”也是中国境内的合法政权，但是中华民国并没有投降，所以在中国的国家内就有两部宪法、两个合法政权。
第二、那么中国的国家内就有两个合法政权，其政治身份是什么？按1991年4月22日举行的第一届国民大会第二次临时会，一并通过的《中华民国宪法增修条文》，在一开始就是“为因应国家统一前之需要…”，其第一条是“中华民国自由地区…”，〔6〕由此我们可以推测出当年中华民国政府其宪法的法理思考：一是中国“终归统一”，即是终归是“一个中央政府，一部宪法”的“统一国家”，不过目前是“统一前的状态”；二是未统一前的中国是什么状态呢？此时的中国在中华民国看来，中国分为自由地区和其他，到1992年制订“台湾地区与大陆地区人民关系条例”改称“台湾地区：指台湾、澎湖、金门、马祖及政府统治权所及之其他地区”和“大陆地区：指台湾地区以外之中华民国领土”。〔7〕三是相对于管辖权而言，在“终止动戡”时代之后，北京的政权在中华民国宪法之下是管理大陆地区的合法政权。
第三、如果北京的政权在中华民国宪法之下是管理“大陆地区”的合法政权，那么他与中华民国政府是什么关系呢？从宪法增修条文法理上说，很明显“中华民国政府是中央政府，大陆的北京政权不是中央政府”，那是什么？当时的中华民国政府没有答案，但十分清楚地“终戡”代表了“戡乱”失败，所以上述的法理不可能是解决问题的方案。到了“国统网领”时，就提出“互不否认对方为政治实体”的说法，“政治实体”乙词，避开了“一个中国”里，立刻要确定谁是中央政府的困扰，此一说法只解决了台北要求的两岸“对等”的问题，严格而言，“互不否认”与“大陆地区”之间是有方盾的，因此，当年并未解决如何表现“互不否认”的问题。
但是，对北京而言，不可能从主权国家的中央政府，自我降格为“政治实体”；更不可能在双方无“政治互信”的情况下，冒着国际上出现“两个中国”、“一中一台”、“台湾独立”等中国法理分裂的危险，去承认两岸的“对等”的政治地位；同时对于中国国民党提出的缺乏具体内容和操作模式的“互不否认”也很怀疑。总之，中国国民党执政的中华民国政府在解决两岸问题时，除了坚持“一个中国”、“中国统一”的原则外，在具体的交流互动的政治统战层次，虽然已经“失败”，但依然凭藉着经济发展的优势，残留内战时期中央政府的姿态，以为解决政治问题的依靠；而共产党也需要时间瞭解蒋氏之后的国民党。因此，“困难”并没有在当时解决，其后中国共产党想到的方法，就是提出在“两岸两会”的协议中明文“一个中国原则”。
（二）“一个中国原则”的摸索与叛离
两岸开放交流之后，两岸都必须学习和平地处理交流交往所衍生的问题，特别是涉及法律、行政管辖如海上犯罪、偷渡走私、文书查（验）证、财产继承、婚姻关系、经贸纠纷等许多亟待解决的问题，惟以双方相对政治身份仍未解，乃各设委托单位，以民对民的身份代表解决，其实代表的思路都是两岸双方均坚持“一个中国”原则，但是由于仍缺政治互信，是以北京方面要求在双方协议明载，“一个中国”原则的文字，〔8〕这原本就是中华民国政府一贯的立场，但在北京提议的情况下，中国国民党统战恐惧感〔9〕和蒋经国误选的接班人其台独真正目的，就不自觉地、敏感地结合，故而否定此一提议，试看当年掌权者的作为就十分明显：
先是反对并阻止“国家统一纲领”送立法院通过，从而形成“国统纲领”只是中国国民党执政的政策，而非政府的“国策”，所以其他政党执政自无遵守的义务。
次是在闪躲“两岸同属‘一个中国’原则”的文字化，甚至连当时承诺的各自以口头表述，台湾也没有正式提过。从而为两岸“有无”共识，埋下争议的空间。
其三，原本两个“政治实体”之间“互不否认”的设想，特别是九十年代中国国民党在野心阴谋家错误的引导下，使用“尊重中华民国的存在”为说辞，将两岸关系偷渡成“相互承认”；其实只要“相互承认”了，中国就公开分裂，那就是承认“两个中国”、承认“台独”，哪里还有一中原则呢？所以北京特别警惕其中的界线。
其四，到了野心政客掌权的末期，藉其必须下台、不再掌权的无奈和不甘，仍以破罐破摔的心态，直接抛出“两国论”，为分裂中国的言论和作为引路开路；特别是开启了中国国民党党内只重权力，不重中华民族利益的投机政客，跟随台独分裂分子的错误，步上“媚美非中”的自我矮化，甚至是自我消亡的道路。“一中”原则自此成为中国国民党的政治禁忌。
总之，如今看来，两岸交流所应有的“中国、理解、善意”（海基会成立之初三原则：中国的、善意的、交流的），从“一个中国原则”的龃龉、争执到否定、背弃的过程中，逐步耗损殆尽，而且成为两岸冲突的总根源，历史何其讽刺。
（三）两岸和平的支柱
回顾近数十年的两岸之间的和平时期，其实最重要得利于两大支柱：一是两岸关系的外部结构，得利于“联合国的2758号决议文”，特别是1972年中美在“上海公报”对“一个中国”的认知：中方称“一个中国原则”；美方称“一个中国政策”，内容虽不完全相同，而核心内涵并不相反，其后又补强于1979年“中美建交公报”及1982年的“八一七公报”。二是两岸内部之间的“九二共识”（见前文），补强于2015年的“习马会”。
一外一内坚实地构建起两岸之间的和平发展，以及对地区稳定关系的巨大贡献，而外部结构对“一中原则”的坚持与维护，是台海和平的“定海神针”；而“九二共识”则是两岸共同发展，一体发展的坚实基础。如果两相比较的话，以现代不断飞速崛起的中国而言，外部结构一旦松动，必然立即引起天翻地覆的变化，所以大陆屡屡对美警告，“台湾问题事关中美关系政治基础，处理不好将产生颠覆性影响”，而且最近中共中央外事工作委员会办公室主任杨洁箎当面告知白宫国家安全顾问苏利文“这个风险不仅存在，还不断升高”。〔10〕反之，两岸之间，由于主动权和主导权都牢牢掌握在大陆手中，所以其影响层面，主要是台湾的发展，可以肯定是台湾的损失大于大陆，而且是不成比例的影响。
从两岸关系的角度来看，联合国的“2758号决议”和中美“上海公报”，确立了两岸关系在当前国际社会的法理身份，提供稳定的政治定位，当然台湾并不满意，所以屡屡发起挑战，然而除了个别国家的代表处更名，外国非现役政要访台之外，在国际组织上，除非台湾遵行“一个中国”，否则任何国家或集团协助也都不可能有所突破。
1、“九二共识”与台湾的发展
而“九二共识”在确立的第一个时期（1992～2000）在两岸“协议”方面，虽然1993年4月举行的“汪辜会谈”签订了四项协议，基本上属两会之间会务协议，至于两者之间，由于当年掌权者的私心，某些政客的破坏，所以并无建树；然而在1998年完成“海基会”领导人的访问大陆之行，还是有效地缓解了1996年因为美国破坏“一个中国”认知所造成的台海危机。
在“九二共识”再确立的第二个时期（2008～2016）可以说是两岸关系和平发展的示范时期：
（1）协议方面：在8年之内，两岸两会高层举行11次会谈，签署23项协议以及两项共识声明，这其中影响较大的包括“两岸经济合作框架协议”签订、两岸定期班机直航启动、两岸共同打击犯罪合作，以及承认大陆高校学历，允许陆生来台等等措施。〔11〕稳定两岸和平发展的大局，以企业赴中国大陆投资来看，从1991年到2020年10月投资件数共44,312件，投资金额达1,912.2亿美元，占台湾对外投资总额比重为56.10%。根据台湾海关统计，两岸双边贸易总额由1990年的51.6亿美元，快速增加至2016年的1,178.7亿美元，平均每年成长率约为15%，其中，台湾对大陆出口总额由44亿美元增加至738.8亿美元，台湾自大陆进口总额则由7.7亿美元增加至439.9亿美元，贸易顺差从36.3亿美元增加至298.9亿美元。〔12〕
（2）两岸“互不否认”的探索
除了上述的交流交往之外，北京也格外珍惜两岸再次确认“九二共识”时期，从而逐渐摸索“互不否认”的表现方式，先是允许在两岸两会的协商中，加入双方的主管事务的官员，可以用顾问、代表等非官方的身份参与协商。
其后又进一步促使两岸相互主管两岸事务的官员，直接以官衔相称、见面、晤谈，协商；走到这一步，两个“政治实体”之间“互不否认”的设想，只剩下涉及“国家主权”的部门机构的官员不能以真正的身份见面，如国防、外交、国安等单位。
2015年北京又用“习先生与马先生”称谓，促成两岸领导人在新加坡见面的模式，直接创造两岸两个政治实体领导人“互不否认”直接见面的最高模式，显然北京所欲展示给台湾的“政治信号”十分明确，即北京政权已将原本的“经济性、事务性、功能性、民间性”的“九二共识”的功能，扩充为政治性的互动基础，只要台承认此一“政治基础”，则台湾不论政治如何变迁，两岸关系的和平发展不会动摇，台湾的政治身份也可以在两岸“一中”的原则下创新探索，共同寻求国家统一前，双方可以接受的安排。
（3）两岸“互不否认”的国际探索
更重要的是，台湾在这一段时间，在邦交的层次上保住了颜面。在国际社会的参与包括了世界卫生组织的年度大会WHA，在国际社会也开创了“互不否认”的共同存在的可能性，顺势而为的话，其他功能性，如国际刑警组织、国际民航组织等等，台湾都有希望参与。
十分可惜2016年台湾政治变迁之后，在台湾新掌权者“仇中”的意识形态驱使和美国的裹胁下，台湾不仅没有把握解决台湾“悲剧性历史”的机遇，反而将两岸关系带入符合美国利益陷阱之中，台湾沦为美国“反中、抗中”的棋子，徘徊在“冲突、战争”的边缘。
事实证明霸权已相对失信、失能的美国能提供给台湾的，除了口惠忽悠和讹诈台湾购买自欺欺人的武器之外，无有任何实惠，而台湾人民则更加焦虑。所以当今的台湾，不是有没有“九二共识”的问题，而是要不要在诡谲多变的国际变局中，承认“九二共识”，创造台湾和平发展机会的选择。然而，令人不解的是台湾社会弥漫着一种怪象，明明知道承认“九二共识”，对台湾而言．在政治上无害，在发展上则是极其有利的原则，但在台湾大多数的人都相信台湾当局完全否定“九二共识”的说法，他们宁愿台湾让美国政客毫不掩饰地讹诈与欺骗，纵使祸及其身、债留子孙也不悔改，真正超越正常人的理性思惟，让所有的政治理论无语。
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