后来廖文毅又与黄纪男等于1948年9月1日，以七百万台湾人的名义，向联合国提出第一号请愿书，再度要求台湾应暂由联合国托管，再由全体台湾公民投票决定台湾的前途是隶属于中国或独立自主。1948年3月廖文毅、黄纪男于香港成立“台湾民众联盟”，其基本纲领即主张：“推翻蒋政权在台的反动统治，建立代表台湾各阶层人民利益的民主独立政府，待整个中国政治确已走上民主轨道之时，依人民投票以联邦之一单位加入中国民主联邦”；但却在其宣传刊物《台湾论坛报》中主张：“应当以对待朝鲜的同样态度对待台湾，台湾一旦成为独立，美国应当给予援助”；并且进一步宣称：“台湾人民是混合血种，与周围任何国家，并无自然联系”。廖文毅等人抄袭日人“混血台湾民族论”，指台湾人并非中国血统，而是在几百年来特殊的历史过程中，同印尼人、马来人、荷兰人、日本人、高山族人混血杂交后形成的独特血统的种族。1962年，史明进一步发表《台湾人四百年史》，提出“文化台湾民族论”：他认为台湾是个岛国，历史上并非始终和大陆相连，而且形成了自己独特的海洋文化，有别于大陆文化，彼此语言、文化、宗教、价值观都不一样，在和大陆不同范畴的社会基础上，发展成一个唯一的“台湾民族”（注3）。
然而，事实上，绿营所谓的台湾人是混血种论，是师法日人伊能嘉矩而来。1895年伊能嘉矩以陆军雇员的名义来台，之后受命从事近十年的台湾原住民田野调查，完成《台湾文化志》（注4）。其中关于平埔族属南岛语系，以及平埔族汉化的论述，成为绿营主张台湾人不是汉人的依据。绿营据此指台湾人是平埔族与汉人的混血后裔，甚至直指台湾人就是消失的平埔族而非汉人、台湾人是闽客化的平埔族。因此，台湾人是属于南岛语系的矮黑种人，甚至引用语言学家Robert Blust和考古学家Peter Bellwood 分别于1985年和1991年提出的“台湾原乡说”；他们认为南岛语族的扩张是基于农业发展、人口遽增、原居地资源分配减少，导致族群大规模地向外迁移，南岛语系民族的起源地应该是在台湾。绿营学者据此主张，台湾本来就是太平洋与其他南岛世界的一部份；但却因为近四百年来汉人涌入而逐渐淡忘这种身份。因此，台湾要和南岛语系国家建立“南岛共同体”，而且南岛民族有两亿多人口；因此，国民党政府说台湾拥有3000万华侨，却实际上台湾有2亿多原住民侨胞（注5）。
在国府戒严时期，党外阵营提出的台湾论述只能集中在民主化议题，以“民主、制衡”为基调；但比较特别的是1964年彭明敏、魏廷朝、谢聪敏三人发表的“台湾人民自救运动宣言”，主张“一个中国，一个台湾早已是铁一般的事实”，把廖文毅时代以民族自决或托管论为基调的台湾论述，进一步转化成两国论的滥觞。但受到戒严体制影响，一直到90年代基督教长老教会发表的“国是声明与建议”之后，绿营才逐渐将台湾论述台独化。
此时期党外阵营的台湾论述，是以台湾本土化为基调，反抗国民党的“大中国意识”与法统，在台湾人社群中散播“反戒严、争人权”与国会全面改选的主张。党外后期的台湾论述，则由于海外独派学者的加入，集中在宣传台湾地位未定论；将国民党定位为外来统治者，把戒严体制混同日本殖民统治，渲染台湾悲情，发动群众抗争，反对国民党以维护法统当藉口而独占台湾政经利益。
当时的诉求集中在反压迫，要求公平对待台湾人（指台籍闽南人），并且以海外台湾人“黑名单”以及台独化后的“二二八事件”与五0年代的“白色恐怖”，用来控诉国府的专制，渲染台湾人的悲情。由于有“二二八事件”的历史伤痕加上戒严体制造成五0年代众多的政治审判事件，在民主化浪潮的冲击下很难自圆其说，国民党虽然依赖亮丽的执政成绩来维系政权；但由于党外利用民主议题，成功扩散反对外省统治集团的情绪；加上国府对党外的本土化论述又未能及时有效回应，导致国民党在选举中多次失利。蒋经国乃宣布解除戒严、党禁与报禁；终而废止动员戡乱时期临时条款、国会全面改选、结束法统。此时期，在台湾论述的演变上，国民党为维护戒严体制而采取跳脱现实的“大中国论述”，不敌党外从现实出发的本土论述。
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