党外人士的本土化诉求直到李登辉继任，召开国是会议，开放海外黑名单，并且废除刑法100条的叛乱罪让台独言论脱罪化后；绿营的台湾论述才开始转向台独化。90年代起，海外台独联盟迁台创立建国党，与由党外人士组织的民进党，双方展开激烈的争夺台湾论述正统的论辩；但最终较激进的建国党被民进党取代，建国党所谓的革命建国路线，也无疾而终。
四、陈水扁执政时期的台湾论述
民进党组党之后，台论论述的演变进入第二阶段。民进党初期借用德国绿党概念，从关怀环保下手，进而结合工运、农运、学运、妇运等社会运动，和向来以派系化经营基层、以及以“救国团化”来办理校园党务的国民党形成强烈对比。也因为国民党未能及时转型，民进党充分吸纳当时进步青年及解严后蓬勃发展的社会力，迅速成长。虽然本土化与台独运动诉求自始即声息相通，但由于当时民进党力量尚不足以挑战国民党的执政优势，加上民众对台独恐惧感颇深，因而民进党初期的台湾论述，还是在诉求本土化，并且主要集中在打击国民党的党国体制与大中国意识。1986年11月民进党第一届全代会通过党纲，标举“台湾前途应由台湾全体住民自决”；1987年11月第二届全代会通过“台湾人民有主张台湾独立的自由”决议；1988年4月临时全代会提出“四个如果”决议文；此时由于戒严体制尚未解除，民进党的台湾论述与台独论述尚未公开画上等号，是在“先民主”的阶段。
由于90年代初，李登辉击败党内非主流的掣肘，独揽党国大权，国民党政府中多数台湾人位至要津，本省人已经是当家作主；此时，民进党的台湾论述对开拓选票的能量反而流失，得票始终在三成五上下。于是党内开始要求论述应转向更激进的路线，台独诉求乃逐步化暗为明。1990年党代表大会先提出“民主大宪章”草案，1991年召开人民制宪会议，通过《台湾宪法草案》，进而在党代表大会中通过“公民投票方式建立台湾共和国”的《台独党纲》修正案。由于李登辉成立国统会，推动海峡两岸辜汪会谈；民进党的台湾论述也从反对统一、反对国共和谈正式转变为台独党纲的新阶段。此时各种激进的言论，比如台湾的先祖是所谓“矮黑人族”，提倡以罗马拼音将闽南话文字化做为台湾共和国国语；甚至提倡台湾接受美国接管成为“第五十一州”，或成为日本“第五州”等极端主张均大鸣大放，而台湾地位未定论则是此时期最主要的论述。
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