第二，陈水扁执政始终以搞政治斗争为中心，台湾的经济建设与发展从来不是陈水扁执政的重点。
陈水扁上台以来，在陈水扁的议事日程中，有关台湾经济建设的议题基本上处于微不足道的地位。除了以选举为导向而提出各种拚经济的口号之外，经济建设没有任何长远、可行的发展路线与策略规划，没有中心思维，没有整体战略。所谓拼经济只是一种形式化的政治口号，煽动性强，琅琅上口，但内容却空洞无物。陈水扁上台以来，全台湾性质的或地方性质的公共建设纯粹是为了短期的政治选举考量即政策买票，或者是为政商勾结掏空公共财产来安排规划和专案，时不时来个“X年X百亿”、“新X大建设”。这些工程主要是为了政治绑桩、捞取选票，最终，不是盖一堆养蚊子工程，就是捅出一堆堆弊案。
第三，行政职位成为政治分赃的瓜分物件，行政系统难以有效运作。
国民党执政时代在台湾建立了完备的文官制度，培养了一大批素质良好、经验丰富、高度专业化的政务官，他们为维系行政系统的有效运作以及台湾经济发展与社会稳定，曾经发挥了重要的作用。
二OOO年陈水扁执政后，大批国民党执政时期的政务官丢掉了职位，数以千计的行政职位成为民进党的战利品。各方绿营支持者都得以论功行赏，一时间鸡犬升天，成为政坛新贵。随着大批非专业政务官进入行政官僚体系，台湾的文官制度遭到严重破坏。正如二OO六年五月二十九日台湾《工商时报》社论所说，陈水扁执政以来，“最大症结就是不尊重专业，用人政治酬庸，视制度如敝屣”。在人事任命与安排上，只有政治权谋和政治酬庸，不尊重专业。结果，施政无方、用人不当，文官制度被严重破坏，政务官不再敬业，如何作出“‘政治正确’的选择并揣摩上意，便成为其生存之道”（袁鹤龄语）。
自二OOO年以来的六年多时间里，陈水扁先后任命唐飞、张俊雄、游锡堃、谢长廷、苏贞昌等五人担任“行政院长”，陈水扁撤换“行政院长”这样的高级官员如同儿戏一般。而对于台湾经济发展有着指标意义的财经首长，更是像走马灯一样被陈水扁任免撤换。“财政部长” 从许嘉栋、颜庆章、李庸三、林全、吕桔诚到二OO六年七月上任的何志钦已经是第六任；而“经济部长”则从林信义、宗才怡、林义夫、何美、黄营杉到二OO六年八月初上任的陈瑞隆，不多不少也是六任。高层官员就这样换来换去，几乎没有足够的时间和机会制定和执行长远的规划，往往是刚刚上台还没有进入状态，便不得不人去政息。
仅就这些财经官员而言，除了少数像宗才怡这种毫无财经背景，自称是“误闯政治丛林小白兔”的滥竽充数者外，也不乏学有专精的经济学者，如许嘉栋、李庸三、林全；或行政经历丰富的技术官僚，如颜庆章、林义夫、何美；或事业有成的企业家林信义，他们不仅具有较强的能力，而且也有推动重大经济施政的强烈愿望，但最终都落了个有志难伸，英雄无用武之地。而“其关键即在于民进党政府，或更精确地说——陈水扁”。“当局将这些入阁的财经精华视为权力施惠，更以意识形态为这些首长设下了经济施政的框架；既不看重他们的能力，也未尊重他们的专业，让拚经济徒具形式，却无实质”（二OO六年八月九日《联合报》社论）。
实际上，自二OOO年至今，“陈水扁不曾信任政府官僚，又担心无法驾驭专家，结果只能任用童子军”（石之瑜语），高层人事安排到处充斥着“鸡犬升天”的影子。像外交资历短浅的“总统府发言人”升上了“外交部长”，挺绿的外资企业代表扛起了金管会重任，参赞“国安事务”的年轻幕僚直接升任“国防副首长”，还有资历不符的将领可以不次拔擢升任军种总司令。学中文的，可以负责主持工程事业体；不懂新闻的，可以拔擢为公营媒体经营者；甚至还有政府部会所成立的科技智库，沦为酬庸“台独势力”的基地（李祖舜语）。
台湾行政部门从上到下的这种状况，内行被排挤以及当这些“政治正确”但缺乏行政经验和技术专长的童子军、外行充斥行政部门和公营事业部门的时候，台湾行政系统的施政效果也就可想而知了，陈水扁执政失败也就更容易理解了。
第四，民进党与陈水扁丧失了理想和信仰，唯权是图、唯利是图，这是造成陈水扁及其家人亲信深陷腐败丑闻、身败名裂的主要原因。
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