作为党政领导班子“一把手”，薛纪宁长期无视党的政治纪律和政治规矩，导致内蒙古银监局政治生态持续恶化，党内关系极不正常。在任7年半间，薛纪宁漠视“三重一大”议事规则，从未在党委会议上研究部署过对包商银行的监管工作，民主集中制形同虚设，“一言堂”现象普遍。班子成员之间从未“红脸出汗”，民主生活会“走过场”，批评和自我批评沦为互相吹捧。有人反映宋建基与农村金融机构交往密切，薛纪宁因常将村镇银行的事交办给宋建基，便听之任之，未加提醒。班子成员之间有矛盾，薛纪宁让内蒙古某化工公司董事长李某某出面弹压，这个“社会人”被称为他的“地下组织部长”。
薛纪宁在选拔任用干部时大搞权钱交易，大肆卖官鬻爵，让一些干部“带病提拔”，为“塌方式腐败”埋下伏笔。薛纪宁在忏悔录中称：“我提拔任用贾奇珍，先后收了他10万人民币和1万欧元；提拔刘金明，先后三次收了他18万元……”
更有甚者，薛纪宁干扰局纪委查办案件，要求大事化小小事化了。薛纪宁将内蒙古局收到反映“包商银行行长李镇西向包头银监分局领导行贿”的举报，违规批转包头银监分局办理；对银监会纪委转办的举报件，擅自取舍问题线索，缩小核查范围。刘金明任纪委书记期间，充当薛纪宁息事宁人的“工具”。2011至2015年，原内蒙古银监局纪委一直“零立案”，监督执纪严重宽松软。
其他班子成员上行下效。贾奇珍分管城市商业银行达10年之久，2005年至案发，他接受请托，插手被监管机构和内蒙古银监局人事工作共计74人次，在人员招录、岗位调整、职务晋升、薪酬待遇等方面为他人谋取利益，收受其中53人次所送财物共计700余万元。其妻弟被原单位“双开”，被法院判处缓刑，仍被安排到某国企任风险总监，造成恶劣影响。贾奇珍还利用监管职权，先后向多家银行打招呼，承揽网点装修工程和多家银行IT项目，收受不法商人贿赂。
有章不循、推责放任、突破践踏制度等现象在该局大量存在。比如，原银监会规定“原则上，在单一县（市）等行政区划内只设立1家村镇银行”，薛纪宁等采取违规冠名等方式有意规避，在呼和浩特市赛罕区等7县（区、旗）全部批设了2家及以上村镇银行。
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